高等学校化学学报 ›› 2011, Vol. 32 ›› Issue (6): 1339.

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精氨酸酶Ⅰ的手性选择性

李帅1, 李兆龙2, 胡玉琳3, 高雪峰2, 黄旭日1   

  1. 1. 吉林大学理论化学研究所, 理论化学计算国家重点实验室,
    2. 生命科学学院, 长春 130021;
    3. 吉林大学第一医院肝胆胰内科, 长春 130023
  • 收稿日期:2010-12-01 修回日期:2011-03-16 出版日期:2011-06-10 发布日期:2011-05-10
  • 通讯作者: 高雪峰 E-mail:gaoxf@jlu.edu.cn
  • 基金资助:

    国家自然科学基金(批准号: 21073075)资助.

Chiral Selectivity of Arginase Ⅰ

LI Shuai1, LI Zhao-Long2, HU Yu-Lin3, GAO Xue-Feng2*, HUANG Xu-Ri1   

  • Received:2010-12-01 Revised:2011-03-16 Online:2011-06-10 Published:2011-05-10
  • Contact: Gao Xue-Feng E-mail:gaoxf@jlu.edu.cn
  • Supported by:

    国家自然科学基金(批准号: 21073075)资助.

摘要: 本文运用分子对接和分子动力学模拟的方法,对精氨酸酶进行手性选择性研究。通过对精氨酸酶Ⅰ与L,D型精氨酸复合物结构的比较,发现精氨酸酶Ⅰ与L型精氨酸结合得更紧密,进一步的复合物分子动力学轨迹比较分析显示,精氨酸酶Ⅰ与L型精氨酸分子的复合物RMSD曲线的震荡较小,并且酶与底物的结合能也是L型的高于D型的复合物。总之,在精氨酸酶Ⅰ在催化精氨酸脱胍基的反应中,只选择L型精氨酸分子是基于酶的手性选择性,手性选择性是由酶的活性口袋的形状决定的。

关键词: 分子动力学, 分子对接, 手性, 精氨酸酶

Abstract: In this study,the chiral selectivity of arginase was investigated by means of molecular dynamics and molecular docking. According to comparing the L-type arginine–arginaseⅠcomplex and D-type arginine–arginaseⅠcomplex, it was observed that L-type arginine–arginase complex had higher stability. From the results of the molecular dynamics trajectories of two complexes, it was shown that the L-type Arginine–Arginase complex had a RMSD curve with less shock and higher energy level than the D-type Arginine–arginase complex. Above all, the conclusion was drawn that the chiral selectivity of Arginine in the catalytic reaction was thoroughly depended on the structure of the enzyme active domain.

Key words: molecular dynamics, molecule docking, chiral, arginase

中图分类号: 

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