肝素与HIV-1膜表面蛋白gp120相互作用的预测和模拟

高等学校化学学报 ›› 2004, Vol. 25 ›› Issue (3): 522.

肝素与HIV-1膜表面蛋白gp120相互作用的预测和模拟

阎作伟¹, 胡远东², 李松², 江涛¹

1. 中国海洋大学海洋药物与食品研究所, 青岛 266003;
2. 军事医学科学院药物毒物研究所, 北京 100850

收稿日期:2003-03-10 出版日期:2004-03-24 发布日期:2004-03-24
通讯作者: 江　涛(1966年出生),女,博士,教授,从事药物化学与药物设计研究.E-mail;jiangtao@ouc.edu.cn E-mail:jiangtao@ouc.edu.cn
基金资助:
国家自然科学基金(批准号;20371043)资助

Prediction and Simulation on Interaction Between HIV-1 Envelope Protein gp 120 and Heparin

YAN Zuo-Wei¹, HU Yuan-Dong², LI Song², JIANG Tao¹

1. Marine Drug and Food Institute, Ocean University of China, Qingdao 266003, China;
2. Beijing Institute of Pharmacology and Toxicology, Beijing 100850, China

Received:2003-03-10 Online:2004-03-24 Published:2004-03-24

摘要/Abstract

摘要： 用分子模拟软件研究肝素与HIV-1膜表面蛋白gp120的相互作用.将肝素中的单糖、二糖和三糖片段作为探针对gp120蛋白进行搜索,统计分析确定肝素结合区域.用肝素六糖片段和结合区域进行反应分子对接,获得两种结合模式.最终建立的模型能够很好地解释肝素体外抑制HIV-1的现象,同时对其机理进行了推测.

关键词: gp120, 肝素结合区域, 探针, 分子对接

Abstract: Molecular simulation software are used to investigate the interaction between HIV-1 envelope protein gp 120 and heparin. Monosaccharide, disaccharide and trisaccharide of heparin are used as the probe molecules to make a global search around protein gp 120. After statistics analysis, we found the most favorable binding domain on gp 120 to heparin, and got two binding model which could be used to interpret the phenomenon that heparin could inhibit HIV-1 in vitro very well by docking heparin hexasaccharide to the binding domain.

Key words: gp 120, Heparin binding domain, Probe, Docking

中图分类号:

O641

TrendMD:

阎作伟, 胡远东, 李松, 江涛. 肝素与HIV-1膜表面蛋白gp120相互作用的预测和模拟. 高等学校化学学报, 2004, 25(3): 522.

YAN Zuo-Wei, HU Yuan-Dong, LI Song, JIANG Tao . Prediction and Simulation on Interaction Between HIV-1 Envelope Protein gp 120 and Heparin. Chem. J. Chinese Universities, 2004, 25(3): 522.

[1]	李志光, 齐国栋, 徐君, 邓风. Sn-Al-β分子筛酸性在葡萄糖转化反应中作用的固体NMR研究[J]. 高等学校化学学报, 2022, 43(6): 20220138.
[2]	赵永梅, 穆叶舒, 洪琛, 罗稳, 田智勇. 双萘酰亚胺衍生物用于检测水溶液中的苦味酸[J]. 高等学校化学学报, 2022, 43(3): 20210765.
[3]	唐倩, 但飞君, 郭涛, 兰海闯. 喹啉酮-香豆素类Hg²⁺比色荧光探针的合成及应用[J]. 高等学校化学学报, 2022, 43(2): 20210660.
[4]	王迪, 钟克利, 汤立军, 侯淑华, 吕春欣. 席夫碱共价有机框架的合成及对I ^‒ 的识别[J]. 高等学校化学学报, 2022, 43(10): 20220115.
[5]	黄池宝, 康帅, 潘淇, 吕国岭. 衍生于咔唑的双氰基二苯代乙烯型双光子荧光脂筏探针[J]. 高等学校化学学报, 2021, 42(8): 2443.
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[7]	雷晓彤, 金怡卿, 孟烜宇. 基于分子模拟方法预测PIP₂在双孔钾通道TREK-1上结合位点的研究[J]. 高等学校化学学报, 2021, 42(8): 2550.
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[13]	谌委菊, 陈诗雅, 薛曹叶, 刘波, 郑晶. 缺氧响应荧光探针的成像及治疗应用[J]. 高等学校化学学报, 2021, 42(11): 3433.
[14]	王柏纯, 袁雨欣, 闫迎华, 丁传凡, 唐科奇. 葡萄糖-6-磷酸功能化亲水磁探针：有效分离富集糖肽/磷酸肽的双用途亲和材料[J]. 高等学校化学学报, 2021, 42(10): 3062.
[15]	王萌萌, 栾天骄, 杨铭焱, 吕佳佳, 高杰, 李洪玉, 卫钢, 袁泽利. 肿瘤乏氧靶向响应的罗丹明荧光探针及其成像介导手术治疗[J]. 高等学校化学学报, 2021, 42(10): 3071.