Thermus thermophilus 木糖异构酶与木糖醇的分子对接及模型分析

高等学校化学学报

Thermus thermophilus 木糖异构酶与木糖醇的分子对接及模型分析

许伟^1,2, 蔡萍¹, 严明¹, 许琳¹, 欧阳平凯¹

1. 南京工业大学制药与生命科学学院, 南京210009;
2. 盐城工学院化学生物工程学院, 盐城 224003

收稿日期:2006-06-05 修回日期:1900-01-01 出版日期:2007-05-10 发布日期:2007-05-10
通讯作者: 严明

Molecular Docking of Xylitol and Xylose Isomerase from Thermus thermophilus and Model Analysis

XU Wei^1,2, CAI Ping¹, YAN Ming¹*, XU Lin¹, OUYANG Ping-Kai¹

1. College of Life Science and Pharmacy, Nanjing University of Technology, Nanjing 210009, China;
2. Department of Chemical and Biological Engineering, Yancheng Institute of Technology, Yancheng 224003, China

Received:2006-06-05 Revised:1900-01-01 Online:2007-05-10 Published:2007-05-10
Contact: YAN Ming

摘要/Abstract

摘要： 在1BXB结构基础上, 通过分子对接方法构建木糖异构酶与抑制剂木糖醇的复合物模型, 为合理设计解除木糖醇对木糖异构酶的抑制及进一步揭示木糖醇对该酶抑制机理提供参考.

关键词: 嗜热栖热菌, 木糖异构酶, 木糖醇, 分子对接

Abstract: Xylose isomerase from Thermus thermophilus is widely used in the production of high-fructose corn syrup and the construction of xylose via recombinant strains. In this paper, the positions of Mg ions and xylitol in 1BXB were established by structure analysis, molecular docking and computing. The Complex of 1BXB with xylitol was modeled and analyzed. Comparing the structure of 1BXB complex with 1S5N, it was found that the overall structure of them showed a high similarity. The residues around xylitol were highly conserved in xylose isomerase, and the orientation and positions of xylitol were very similar in both structures. The coordination bonds formed between Mg1 and O2 or O4 of xylitol stabilized the conformation of xylitol at the active site of 1BXB.

Key words: Thermus thermophilus, Xylose isomerase, Xylitol, Molecular docking

中图分类号:

O641
Q71

TrendMD:

许伟,蔡萍,严明,许琳,欧阳平凯 . Thermus thermophilus 木糖异构酶与木糖醇的分子对接及模型分析. 高等学校化学学报, doi: .

XU Wei^1,2, CAI Ping¹, YAN Ming¹*, XU Lin¹, OUYANG Ping-Kai¹. Molecular Docking of Xylitol and Xylose Isomerase from Thermus thermophilus and Model Analysis. Chem. J. Chinese Universities, doi: .

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