磺基异硫氰酸苯酯化学辅助方法对新蛋白质进行从头测序

高等学校化学学报 ›› 2009, Vol. 30 ›› Issue (4): 706.doi:

磺基异硫氰酸苯酯化学辅助方法对新蛋白质进行从头测序

周新文¹, 严钦², 周珮², 杨芃原¹

1. 复旦大学生物医学研究院,
2. 药学院, 上海 200032

收稿日期:2008-05-21 出版日期:2009-04-10 发布日期:2009-04-10
通讯作者: 杨芃原, E-mail:pyyang@fudan.edu.cn
基金资助:
国家“九七三”计划(批准号: 2007CB914100)资助.

De Novo Sequence of Novel Protein Based on Chemically-assisted Method Using 4-Sulfophenyl Isothiocyanate Derivatization by Mass Spectrometry

ZHOU Xin-Wen¹, YAN Qin², ZHOU Pei², YANG Peng-Yuan^1*

1. Institutes of Biomedical Sciences,
2. School of Pharmacy, Fudan University, Shanghai 200032, China

Received:2008-05-21 Online:2009-04-10 Published:2009-04-10
Contact: YANG Peng-Yuan, E-mail:pyyang@fudan.edu.cn

摘要/Abstract

摘要：

利用基质辅助激光解吸电离-串联飞行时间(MALDI-TOF-TOF)质谱结合磺基异硫氰酸苯酯化学辅助的方法对一种从拟青霉(Paecilomyces bainier)分离纯化到的新人参皂苷Rb1水解酶的部分肽段进行了从头测序. 共获得了这个新蛋白质8条肽段的序列, 一些磺化后信噪比非常低的肽段也获得了比较完整的序列. 同时通过从头测序分析确定了一对甲硫氨酸非氧化和氧化肽段的序列. 结果表明, 磺化后的肽段离子化效率大大增强, 在PSD(源后裂解)过程中只有肽键断裂产生的C端的碎片离子系列(y离子系列)出现在质谱图中, 图谱背景清晰, 信噪比高, 单纯的y离子系列使得图谱解析变得非常容易. 将这8条序列在NCBI(美国国立生物技术信息中心)数据库中进行BLAST(蛋白质序列比对工具)检索印证这种β-葡萄糖甘酶是一个新蛋白质, 发现的两条相对保守的序列为进一步研究奠定了基础.

关键词: 磺基异硫氰酸苯酯, 基质辅助激光解吸电离-串联飞行时间质谱, 新蛋白质, 从头测序

Abstract:

Eight tryptic peptides of a novel ginsenoside Rb1 hydrolase(β-glucosidase) purified from Paecilomyces bainier were identified with chemically assisted de novo sequencing followed 4-sulfophenyl isothiocyanate(SPITC) derivatization by MALDI-TOF-TOF mass spectrometry. Some relatively complete sequences were obtained from sulfonated peptides with very low signal/noise ratio. A pair of peptides were identified with non-oxidation and oxidation at methionine, respectively. The results indicated that the sulfonated peptide by SPITC significantly enhanced MALDI-TOF-PSD fragmentation signals and produced a spectrum containing only y⁺ ions. This method facilitated de novo sequencing and spectrum interpretation. By comparing the eight identified peptide sequences with the NCBI database, this purified β-glucosidase proves to be a novel protein that has not yet been reported. Two relatively conserved peptides are remarkable contribution to further research.

Key words: SPITC, MALDI-TOF-TOF MS, Novel protein, De novo sequence

中图分类号:

O657
Q51

TrendMD:

周新文, 严钦, 周珮, 杨芃原. 磺基异硫氰酸苯酯化学辅助方法对新蛋白质进行从头测序. 高等学校化学学报, 2009, 30(4): 706.

ZHOU Xin-Wen, YAN Qin, ZHOU Pei, YANG Peng-Yuan*. De Novo Sequence of Novel Protein Based on Chemically-assisted Method Using 4-Sulfophenyl Isothiocyanate Derivatization by Mass Spectrometry. Chem. J. Chinese Universities, 2009, 30(4): 706.

[1]	朱颖, 刘沛, 羊小海, 何磊良, 李清照, 王青, 王柯敏, 黄晋, 刘剑波. 基于T-Hg²⁺-T及G四聚体自身熄灭能力的“Turnon”型单标记DNA荧光探针用于碘离子的检测[J]. 高等学校化学学报, 2012, 33(12): 2651.
[2]	孙杨, 张雷, 徐飞, 龚波林. 原子转移自由基聚合技术制备新型手性配体交换色谱固定相及对手性化合物的拆分[J]. 高等学校化学学报, 2012, 33(12): 2644.
[3]	黄佳华, 弓振斌, 林继军, 段华玲. 聚乙烯亚胺-金属络合物的稳定常数及配位数的测定[J]. 高等学校化学学报, 2012, 33(12): 2633.
[4]	申伟, 赵红梅, 雷玉涛, 凌晓锋, 祝青, 张应, 张元福, 徐怡庄, 吴瑾光, 武阳丰, 李会娟, 徐智. 傅里叶变换红外光谱体表无创探测乳腺肿瘤[J]. 高等学校化学学报, 2012, 33(11): 2390.
[5]	何微娜, 涂熹娟, 郭祥群. 牛血清白蛋白修饰的近红外荧光纳米金顺磁标记分子探针[J]. 高等学校化学学报, 2012, 33(11): 2411.
[6]	杨俊, 齐莉, 马会民, 陈义. 基于尼龙微孔薄膜的微流控芯片的制作及对葡萄糖的显色响应[J]. 高等学校化学学报, 2012, 33(11): 2405.
[7]	田清青, 曾伟秀, 赵昕, 侯玉兰, 陈波, 姚守拙. 溶剂诱导相变萃取-分光光度法测定血管紧张素转化酶活性[J]. 高等学校化学学报, 2012, 33(11): 2417.
[8]	付华峰, 王丽娜, 范春影, 李肖萌. 分散液-液微萃取快速、直接测定有机化合物lgP值[J]. 高等学校化学学报, 2012, 33(11): 2435.
[9]	徐牛生, 杨洪梅, 崔勐, 宋凤瑞, 刘志强, 刘淑莹. 电喷雾质谱法研究防己诺林碱与G-四链体的相互作用[J]. 高等学校化学学报, 2012, 33(11): 2430.
[10]	徐雯, 李晓, 张卫英, 英晓光. L-色氨酸分子印迹传感器敏感膜的制备与性能[J]. 高等学校化学学报, 2012, 33(10): 2199.
[11]	曹霞, 曾晞, 牟兰, 陈义, 王瑞晓, 张云黔, 张建新, 卫钢. 2[(N-乙基)-1-吩噻嗪基]腙的合成及聚集荧光增强性能[J]. 高等学校化学学报, 2012, 33(10): 2184.
[12]	王青, 杨丽燕, 刘剑波, 羊小海, 王柯敏, 嵇海宁, 刘艳. 动态光散射技术用于氟离子的检测[J]. 高等学校化学学报, 2012, 33(10): 2195.
[13]	黄艳琴, 秦伟胜, 任厚基, 曹国益, 刘兴奋, 黄维. 基于阳离子型共轭聚合物和核酸适体的腺苷检测新方法[J]. 高等学校化学学报, 2012, 33(10): 2213.
[14]	艾拜拉·热合曼, 阿斯娅·克里木, 帕提曼·亚森, 帕提曼·尼扎木丁, 阿达来提·阿不都热合曼, 阿布力孜·伊米提. MB-硬脂酸复合薄膜光波导传感器检测氯化氢气体[J]. 高等学校化学学报, 2012, 33(10): 2173.
[15]	崔志平, 刘绍璞, 刘忠芳, 胡小莉. 维生素B₁₂与12-钨磷酸相互作用的双波长共振瑞利散射光谱及其分析应用[J]. 高等学校化学学报, 2012, 33(10): 2205.