p16基因甲基化的芯片定量检测

高等学校化学学报 ›› 2005, Vol. 26 ›› Issue (3): 449.

p16基因甲基化的芯片定量检测

沈佳尧^1,2, 侯鹏¹, 祭美菊¹, 李松¹, 何农跃¹

1. 苏州大学生命科学学院,苏州 215007;
2. 东南大学生物科学与医学工程系,吴健雄实验室,南京 210096

收稿日期:2004-02-25 出版日期:2005-03-10 发布日期:2005-03-10
通讯作者: 何农跃(1958年出生),男,教授,博士生导师,从事基因芯片及材料化学研究.E-mail:nyhe1958@163.com E-mail:nyhe1958@163.com
基金资助:
国家“九七三”计划(批准号:G1998051204);江苏省高新技术项目(批准号:BG2001010);国家自然科学基金(批准号:60071001)资助.

A Methylation-specific Oligonuceotide Microarray for Quantitative Analysis of p16 Gene

SHEN Jia-Yao^1,2, HOU Peng¹, JI Mei-Ju¹, LI Song¹, HE Nong-Yue¹

1. Department of Biological Science and Medical Engineering, Chien-shiung Wu Laboratory, Southeast University, Nanjing 210096, China;
2. College of Life Science, Suzhou University, Suzhou 215007, China

Received:2004-02-25 Online:2005-03-10 Published:2005-03-10

摘要/Abstract

关键词: DNA甲基化, 荧光强度标准曲线, p16基因甲基化检测型基因芯片

Abstract: To quantitatively detect hypermethylation and to analyze methylation pattern, a methylation-specific oligonucleotide microarray for quantitative analysis was developed. The method used bisulfite-modified DNA as a template for PCR amplification, resulting in conversion of unmethylated cytosine, but not methylated cytosine, into thymine within CpG islands of interest. The amplified product, therefore, may contain a pool of DNA fragments with altered nucleotide sequences due to differential methylation status. A test sample was hybridized to a set of oligonucleotide arrays that discriminate methylated and unmethylated cytosine at specific nucleotide positions,and quantitative differences in hybridization were determined by fluorescence analysis. Four clinical samples of gastric cancer were quantitatively detected and methylation pattern of five methylated clones were analyzed with the methylation-specific oligonucleotide microarray. The results of microarray hybridization were in agreement with bisulfite genomic DNA sequencing. It showed that methylation-specific oligonucleotide microarray for quantitative analysis is a promising technique for mapping methylation changes in multiple CpG island loci and for generating epigenetic profiles in cancer.

Key words: DNA methylation, Standardization curve for fluorescence intensity, Methylation-specific oligonucleotide microarray for quantitative analysis

中图分类号:

O657

TrendMD:

沈佳尧, 侯鹏, 祭美菊, 李松, 何农跃. p16基因甲基化的芯片定量检测. 高等学校化学学报, 2005, 26(3): 449.

SHEN Jia-Yao, HOU Peng, JI Mei-Ju, LI Song, HE Nong-Yue . A Methylation-specific Oligonuceotide Microarray for Quantitative Analysis of p16 Gene. Chem. J. Chinese Universities, 2005, 26(3): 449.

[1]	朱颖, 刘沛, 羊小海, 何磊良, 李清照, 王青, 王柯敏, 黄晋, 刘剑波. 基于T-Hg²⁺-T及G四聚体自身熄灭能力的“Turnon”型单标记DNA荧光探针用于碘离子的检测[J]. 高等学校化学学报, 2012, 33(12): 2651.
[2]	孙杨, 张雷, 徐飞, 龚波林. 原子转移自由基聚合技术制备新型手性配体交换色谱固定相及对手性化合物的拆分[J]. 高等学校化学学报, 2012, 33(12): 2644.
[3]	何微娜, 涂熹娟, 郭祥群. 牛血清白蛋白修饰的近红外荧光纳米金顺磁标记分子探针[J]. 高等学校化学学报, 2012, 33(11): 2411.
[4]	杨俊, 齐莉, 马会民, 陈义. 基于尼龙微孔薄膜的微流控芯片的制作及对葡萄糖的显色响应[J]. 高等学校化学学报, 2012, 33(11): 2405.
[5]	田清青, 曾伟秀, 赵昕, 侯玉兰, 陈波, 姚守拙. 溶剂诱导相变萃取-分光光度法测定血管紧张素转化酶活性[J]. 高等学校化学学报, 2012, 33(11): 2417.
[6]	王青, 杨丽燕, 刘剑波, 羊小海, 王柯敏, 嵇海宁, 刘艳. 动态光散射技术用于氟离子的检测[J]. 高等学校化学学报, 2012, 33(10): 2195.
[7]	罗娅慧, 李刚, 陈强, 赵建龙. 基于渗透脱水的自动化蛋白质结晶高通量筛选芯片[J]. 高等学校化学学报, 2012, 33(10): 2178.
[8]	曹霞, 曾晞, 牟兰, 陈义, 王瑞晓, 张云黔, 张建新, 卫钢. 2[(N-乙基)-1-吩噻嗪基]腙的合成及聚集荧光增强性能[J]. 高等学校化学学报, 2012, 33(10): 2184.
[9]	郝丽, 程和勇, 刘金华, 殷学锋. 微流动注射-等离子体质谱直接测定白酒中铅和镉[J]. 高等学校化学学报, 2012, 33(09): 1957.
[10]	刘跃芹, 皮子凤, 宋凤瑞, 刘志强, 刘忠英. 阿卡波糖对Ⅱ型糖尿病大鼠尿液代谢轮廓的影响[J]. 高等学校化学学报, 2012, 33(09): 1932.
[11]	封科军, 姚艳玲, 沈国励, 俞汝勤. 基于单壁碳纳米管-DNA酶复合结构的电化学生物传感器[J]. 高等学校化学学报, 2012, 33(08): 1676.
[12]	王琳, 谭学才, 赵丹丹, 刘力, 雷福厚, 黄在银, 龚琦. 以马来松香丙烯酸乙二醇酯为交联剂的咖啡因分子印迹电化学传感器[J]. 高等学校化学学报, 2012, 33(08): 1708.
[13]	刘雪平, 欧阳湘元, 吴会旺, 沈国励, 俞汝勤. 基于目标物诱导置换及纳米金催化的新型荧光技术检测腺苷[J]. 高等学校化学学报, 2012, 33(08): 1692.
[14]	赵强, 孙晓红, 卢瑛, 潘迎捷, 赵勇. 应用代谢轮廓区分不同致病性副溶血性弧菌[J]. 高等学校化学学报, 2012, 33(08): 1686.
[15]	殷鹏飞, 龚会平, 李萍萍, 刘正清, 何佑秋. 紫外-可见吸收光谱和荧光光谱研究壳核型 CdTe/CdS量子点与盐酸巴马汀的相互作用及其分析应用[J]. 高等学校化学学报, 2012, 33(07): 1432.