离线2D-LC-MS系统的建立及其用于人肝蛋白质组学的研究

高等学校化学学报 ›› 2004, Vol. 25 ›› Issue (12): 2247.

离线2D-LC-MS系统的建立及其用于人肝蛋白质组学的研究

王静^1,2, 许雪姣^1,2, 于雁灵^1,2, 刘银坤^2,3, 杨原^1,2

1. 复旦大学化学系, 上海200033;
2. 蛋白质组研究中心, 上海200033;
3. 复旦大学肝癌研究所, 上海200032

收稿日期:2003-12-30 出版日期:2004-12-24 发布日期:2004-12-24
基金资助:
国家“九七三”计划重大科技专项(批准号:2002-BAC11A11);上海创新团队基金(批准号:03DZ14024)资助

Establishment of Offline 2D-LC-MS System and Its Application to Human Liver Proteomics

WANG Jing^1,2, XU Xue-Jiao^1,2, YU Yan-Ling^1,2, LIU Yin-Kun^2,3, YANG Peng-Yuan^1,2

1. Department of Chemistry, Shanghai 200433, China;
2. Proteomics Research Center, Fudan University, Shanghai 200433, China;
3. Liver Cancer Institute, Fudan University, Shanghai 200032, China

Received:2003-12-30 Online:2004-12-24 Published:2004-12-24

摘要/Abstract

关键词: 多维色谱-质谱联用仪, 离线2D-LC-MS, 水溶性蛋白

Abstract: A lab-made off line 2D-LC-MS system was developed for protein analysis. In case the off line 2D-LC was utilized for peptide separation, and the working conditions for strong cation exchange(SCX) chromatography and the succeeding reversed phase(RP) chromatography can be individually optimized, contrasted to the on-line system. The experimental results show that the mass fractions of acetonitrile for the SCX separation can be increased form 5% as references reported up to 20% so that the separation of peptides has been substantially improved. The off line system has been applied to the analysis of proteins extracted from the cancer tissue of nude mice inoculated by a human-hepatocellular-carcinoma cell-line D20. Some extreme basic proteins(pI>10) and larger proteins(M_w>200 000), which are difficult to be isolated by the traditional 2D-PAGE method, have been identified in D20 sample.

Key words: Multidimensional-liquid chromatography-mass spectrometry, Offline 2D-LC-MS, Water-soluble proteins

中图分类号:

O657

TrendMD:

王静, 许雪姣, 于雁灵, 刘银坤, 杨原. 离线2D-LC-MS系统的建立及其用于人肝蛋白质组学的研究. 高等学校化学学报, 2004, 25(12): 2247.

WANG Jing, XU Xue-Jiao, YU Yan-Ling, LIU Yin-Kun, YANG Peng-Yuan, . Establishment of Offline 2D-LC-MS System and Its Application to Human Liver Proteomics. Chem. J. Chinese Universities, 2004, 25(12): 2247.

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