基于质谱的单细胞多组学分析技术研究进展

doi:10.7503/cjcu20240389

高等学校化学学报 ›› 2024, Vol. 45 ›› Issue (11): 20240389.doi: 10.7503/cjcu20240389

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基于质谱的单细胞多组学分析技术研究进展

霍志远¹^,², 周金萍³, 马秀敏³(), 周严¹^,²(), 黄琳¹^,²()

^1.上海市胸科医院/上海交通大学医学院附属胸科医院检验科, 2. 胸部肿瘤研究所, 上海 200030
^3.新疆医科大学附属肿瘤医院临床检验中心, 乌鲁木齐 830011

收稿日期:2024-08-15 出版日期:2024-11-10 发布日期:2024-09-11
通讯作者: 马秀敏,周严,黄琳 E-mail:maxiumin1210@sohu.com;zhouyan@shchest.org;linhuang@shsmu.edu.cn
作者简介:第一联系人：共同第一作者.
基金资助:
国家自然科学基金(82372148);中央引导地方科技发展资金项目(ZYYD2024CG06)

Advances in Single-cell Multi-omics Analysis Based on Mass Spectrometry

HUO Zhiyuan¹^,², ZHOU Jinping³, MA Xiumin³(), ZHOU Yan¹^,²(), HUANG Lin¹^,²()

^1.Department of Clinical Laboratory
^2.Institue of Thoracic Oncology，Shanghai Chest Hospital，Shanghai Jiao Tong University School of Medicine，Shanghai 200030，China
^3.Clinical Laboratory Center，Tumor Hospital Affiliated to Xinjiang Medical University，Urumqi 830011，China

Received:2024-08-15 Online:2024-11-10 Published:2024-09-11
Contact: MA Xiumin, ZHOU Yan, HUANG Lin E-mail:maxiumin1210@sohu.com;zhouyan@shchest.org;linhuang@shsmu.edu.cn
Supported by:
the National Natural Science Foundation of China(82372148);the Central Government Guides Local Science and Technology Development Fund Projects, China(ZYYD2024CG06)

摘要/Abstract

摘要：

近年来, 随着质谱技术的飞速发展, 单细胞质谱技术在生命科学领域发挥着越来越重要的作用. 质谱已被广泛用于检测细胞群代谢和蛋白组, 单细胞质谱多组学技术结合微观生物学和尖端质谱分析, 为在单细胞层面进行深入研究提供了强有力的工具, 进一步阐明了细胞微观复杂性. 特别是在生物医学应用中, 单细胞质谱多组学有助于细胞图谱绘制、生命现象分子机制探究及精准医学的发展等. 本文综合评述了近年来基于质谱的单细胞代谢、蛋白组及其整合组学技术研发中面临的挑战与突破, 并对其未来的发展趋势进行了展望.

关键词: 单细胞, 质谱技术, 代谢组学, 蛋白质组学, 多组学分析

Abstract:

With the rapid development of mass spectrometry technology in recent years， single-cell mass spectrometry has played an increasingly vital role in the field of life sciences. Mass spectrometry has been widely applied to detect the metabolome and proteome of cell populations. The multi-omics technology of single-cell mass spectrometry combines microscopic biology with cutting-edge mass spectrometry analysis， providing a powerful tool for in-depth study at the single-cell level and further clarifying the micro-level complexity of cells. Especially in biomedical applications， single-cell mass spectrometry multi-omics helps to build cell atlas， explore the molecular mechanisms of biological phenomena， and promote the development of precision medicine. Therefore， this article systematically summarizes and reviews the challenges and breakthroughs in the development of mass spectrometry-based single-cell metabolism， proteomics， and multi-omics technologies in recent years， and provides an outlook on its future development trends.

Key words: Single-cell, Mass spectrometry technology, Metabolomics, Proteomics, Multi-omics analysis

中图分类号:

O657.6

TrendMD:

霍志远, 周金萍, 马秀敏, 周严, 黄琳. 基于质谱的单细胞多组学分析技术研究进展. 高等学校化学学报, 2024, 45(11): 20240389.

HUO Zhiyuan, ZHOU Jinping, MA Xiumin, ZHOU Yan, HUANG Lin. Advances in Single-cell Multi-omics Analysis Based on Mass Spectrometry. Chem. J. Chinese Universities, 2024, 45(11): 20240389.

图/表 5

Fig.1 Research progress in single⁃cell separation and capture technologies（A） FACS for single-cell proteomics［12］. Copyright 2022， Elsevier；（B） digital microfluidic technique for single-cell proteomics ［18］. Copyright 2020， Springer Nature.

Fig.2 Research progress in single⁃cell mass spectrometry metabolomics（A） Schematic of LAESI-DTIMS based on microscope system［28］. Copyright 2021， Molecular Diversity Preservation International；（B） schematic illustration of the ILCEI-MS system［27］. Copyright 2022， the Royal Society of Chemistry；（C） the workflow of ID-organic cytoMS［26］. Copyright 2024， Springer Nature.

Fig.3 Research progress in single⁃cell mass spectrometry proteomics（A， B） The workflow of pepDESC is illustrated by protein Z［36］. Copyright 2023， Elsevier；（C） the overall framework of DeepSCP［35］. Copyright 2022， Oxford University Press.

Fig.4 Research progress in single⁃cell mass spectrometry multi⁃omics（A） Schematic of platform design combining single-cell transcriptomics（CITE-seq） and proteomics（CyTOF）［45］. Copyright 2024， Springer Nature；（B， C） schematic of the highly efficient and automatic single-cell multi-omics mass spectrometry strategy［47］. Copyright 2023， American Chemical Society.

Fig.5 Biomedical applications of single⁃cell mass spectrometry multi⁃omics（A） Quantitative LC-MS-based single-cell proteomics（scMS） serves as a tool for characterizing cellular hierarchies［51］. Copyright 2021， Springer Nature；（B） platform combining single-cell transcriptomics and single-cell proteomics for biomarker discovery in severe COVID-19［55］. Copyright 2022， Elsevier.

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