高等学校化学学报 ›› 2009, Vol. 30 ›› Issue (11(1)): 23.

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分子动力学模拟研究不同类型材料表面对凝血因子Ⅻ九肽片段自然状态的影响

李波1, 朱皓淼1, 王颖1, 赵波1, 李利1,2, 沈健1,2   

  1. 1. 南京师范大学, 江苏省生物功能材料重点实验室, 南京 210097;
    2. 南京大学, 江苏省界面化学工程技术研究中心, 南京 210093
  • 收稿日期:2009-07-28 出版日期:2009-11-30 发布日期:2009-11-30
  • 通讯作者: 沈健, 男, 教授, 博士生导师, 主要从事生物医用材料研究. E-mail: jshen@njnu.edu.cn; 李利, 男, 教授, 主要从事材料抗凝血机理研究. E-mail: lili3@njnu.edu.cn
  • 基金资助:

    国家自然科学基金(批准号: 20874047), 江苏省自然科学基金(批准号: BK2008434)的资助.

Molecular Dynamics Simulation of the Effect of Different Materials Surface on Natural Behavior of Nine Peptides of Coagulation Factor XII

LI Bo1, ZHU Hao-Miao1, WANG Ying1, ZHAO Bo1, LI Li1,2*, SHEN Jian1,2*   

  1. 1. Nanjing Normal University, Jiangsu Key Laboratory of Biofunctional Materials, Nanjing 210097, China;
    2. Nanjing University, Jiangsu Technological Research Center for Interfacial Chemistry and Chemical Engineering, Nanjing 210093, China
  • Received:2009-07-28 Online:2009-11-30 Published:2009-11-30
  • Contact: SHEN Jian. E-mail: jshen@njnu.edu.cn; LI Li. E-mail: lili3@njnu.edu.cn
  • Supported by:

    国家自然科学基金(批准号: 20874047), 江苏省自然科学基金(批准号: BK2008434)的资助.

摘要:

用分子动力学软件NAMD在CHARMm力场下对凝血因子Ⅻ九肽片段及其与两性离子材料表面、亲水性和疏水性材料表面相互作用的水溶液模型进行5 ns分子动力学计算. 均方根偏移、构象能、二面角能等结果显示, 两性离子材料表面和亲水性材料表面能够较好地维持凝血因子Ⅻ九肽片段的自然状态.

关键词: 蛋白质-表面相互作用; 分子动力学模拟; 凝血因子Ⅻ九肽片段; 两性离子; 构象

Abstract:

Using NAMD with CHARMm force field, molecular dynamics simulations over 5 ns were applied to four different systems——single nine peptides of coagulation Factor XII(FXII), nine peptides of FXII with hydrophobic, hydrophilic or zwitterionic material. According to the analysis of the RMSD, conformational energy and dihedral energy etc, the zwitterionic material and hydrophilic material are suitable for keeping the natural behavior of nine peptides of FXII.

Key words: Protein-surface interaction; Molecular dynamics simulation; Nine peptides of FXII; Zwitterionic; Conformation

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