Chem. J. Chinese Universities ›› 2024, Vol. 45 ›› Issue (11): 20240294.doi: 10.7503/cjcu20240294
• Review • Previous Articles Next Articles
FAN Zhirui1, FANG Qun1,2, YANG Yi1,2
Received:
2024-06-19
Online:
2024-11-10
Published:
2024-08-19
Contact:
YANG Yi
Supported by:
CLC Number:
TrendMD:
FAN Zhirui, FANG Qun, YANG Yi. Single Cell Proteomic Analysis by Mass Spectrometry[J]. Chem. J. Chinese Universities, 2024, 45(11): 20240294.
1 | Wu Q., Sui X. T., Tian R. J., Chin. J. Chromatogr., 2021, 39(2), 112—117 |
吴琼, 隋欣桐, 田瑞军. 色谱, 2021, 39(2), 112—117 | |
2 | Regev A., Teichmann S. A., Lander E. S., Amit I., Benoist C., Birney E., Bodenmiller B., Campbell P., Carninci P., Clatworthy M., Clevers H., Deplancke B., Dunham I., Eberwine J., Eils R., Enard W., Farmer A., Fugger L., Göttgens B., Hacohen N., Haniffa M., Hemberg M., Kim S., Klenerman P., Kriegstein A., Lein E., Linnarsson S., Lundberg E., Lundeberg J., Majumder P., Marioni J. C., Merad M., Mhlanga M., Nawijn M., Netea M., Nolan G., Pe'er D., Phillipakis A., Ponting C. P., Quake S., Reik W., Rozenblatt⁃Rosen O., Sanes J., Satija R., Schumacher T. N., Shalek A., Shapiro E., Sharma P., Shin J. W., Stegle O., Stratton M., Stubbington M. J. T., Theis F. J., Uhlen M., van Oudenaarden A., Wagner A., Watt F., Weissman J., Wold B., Xavier R., Yosef N., eLife, 2017, 6, e27041 |
3 | Ahmad R., Budnik B., Anal. Bioanal. Chem., 2023, 415(28), 6889—6899 |
4 | Liu Y., Beyer A., Aebersold R., Cell, 2016, 165(3), 535—550 |
5 | Labib M., Kelley S. O., Nat. Rev. Chem., 2020, 4(3), 143—158 |
6 | Zhu Y., Scheibinger M., Ellwanger D. C., Krey J. F., Choi D., Kelly R. T., Heller S., Barr⁃Gillespie P. G., eLife, 2019, 8, e50777 |
7 | Nelep C., Eberhardt J., Cytom. A, 2018, 93(12), 1267—1270 |
8 | Wang Y., Wang D. F., Wang H. F., Wang J. W., Pan J. Z., Guo X. G., Fang Q., Talanta, 2021, 226, 122136 |
9 | Wang Y., Guan Z. Y., Shi S. W., Jiang Y. R., Zhang J., Yang Y., Wu Q., Wu J., Chen J. B., Ying W. X., Xu Q. Q., Fan Q. X., Wang H. F., Zhou L., Wang L., Fang J., Pan J. Z., Fang Q., Nat. Commun., 2024, 15(1), 1279 |
10 | Nagamoto⁃Combs K., Animal Models of Allergic Disease: Methods and Protocols, Springer US, New York, 2021, 169—182 |
11 | Adan A., Alizada G., Kiraz Y., Baran Y., Nalbant A., Crit. Rev. Biotechnol., 2017, 37(2), 163—176 |
12 | Gross A., Schoendube J., Zimmermann S., Steeb M., Zengerle R., Koltay P., Int. J. Mol. Sci., 2015, 16(8), 16897—16919. |
13 | Vallone V. F., Telugu N. S., Fischer I., Miller D., Schommer S., Diecke S., Stachelscheid H., Curr. Protoc. Stem Cell Biology, 2020, 55(1), e123 |
14 | Song Y., Lin J. M., Sci. Sin. Chim., 2023, 53(8), 1472—1493 |
宋扬, 林金明. 中国科学: 化学, 2023, 53(8), 1472—1493 | |
15 | Pan T., Wu Y. Y., Guo G. S., Wang X. Y., Chin. J. Anal. Chem., 2023, 51(6), 934—944 |
潘婷, 武园园, 郭广生, 汪夏燕. 分析化学, 2023, 51(6), 934—944 | |
16 | Gebreyesus S. T., Siyal A. A., Kitata R. B., Chen E. S. W., Enkhbayar B., Angata T., Lin K. I., Chen Y. J., Tu H. L., Nat. Commun., 2022, 13(1), 37 |
17 | Hu S., Ye J., Shi S., Yang C., Jin K., Hu C., Wang D., Ma H., Anal. Chem., 2023, 95(17), 6905—6914 |
18 | Yang Z., Jin K., Chen Y., Liu Q., Chen H., Hu S., Wang Y., Pan Z., Feng F., Shi M., Xie H., Ma H., Zhou H., JACS Au, 2024, 4(5), 1811—1823 |
19 | Guo W., Hu Y., Qian J., Zhu L., Cheng J., Liao J., Fan X., J. Genet. Genom., 2023, 50(9), 641—651 |
20 | Espina V., Heiby M., Pierobon M., Liotta L. A., Expert. Rev. Mol. Diagn., 2007, 7(5), 647—657 |
21 | Mund A., Coscia F., Kriston A., Hollandi R., Kovács F., Brunner A. D., Migh E., Schweizer L., Santos A., Bzorek M., Naimy S., Rahbek⁃Gjerdrum L. M., Dyring⁃Andersen B., Bulkescher J., Lukas C., Eckert M. A., Lengyel E., Gnann C., Lundberg E., Horvath P., Mann M., Nat. Biotechnol., 2022, 40(8), 1231—1240 |
22 | Rosenberger F. A., Thielert M., Strauss M. T., Schweizer L., Ammar C., Mädler S. C., Metousis A., Skowronek P., Wahle M., Madden K., Gote⁃Schniering J., Semenova A., Schiller H. B., Rodriguez E., Nordmann T. M., Mund A., Mann M., Nat. Methods, 2023, 20(10), 1530—1536 |
23 | Liu J., Liu Z., Chin. J. Chromatogr., 2016, 34(1), 1154—1160 |
刘佳, 刘震. 色谱, 2016, 34(1), 1154—1160 | |
24 | Chen Q., Yan G., Gao M., Zhang X., Anal. Chem., 2015, 87(13), 6674—6680 |
25 | Shao X., Wang X., Guan S., Lin H., Yan G., Gao M., Deng C., Zhang X., Anal. Chem., 2018, 90(23), 14003—14010 |
26 | He Y., Yuan H., Liang Y., Liu X., Zhang X., Ji Y., Zhao B., Yang K., Zhang J., Zhang S., Zhang Y., Zhang L., Chem. Sci., 2023, 14(46), 13495—13502 |
27 | Johnson K. R., Gao Y., Greguš M., Ivanov A. R., Anal. Chem., 2022, 94(41), 14358—14367 |
28 | Marie A. L., Gao Y., Ivanov A. R., Nat. Commun., 2024, 15(1), 3847 |
29 | Zhu Y., Zhang Y. X., Cai L. F., Fang Q., Anal. Chem., 2013, 85(14), 6723—6731 |
30 | Li Z. Y., Huang M., Wang X. K., Zhu Y., Li J. S., Wong C. C. L., Fang Q., Anal. Chem., 2018, 90(8), 5430—5438 |
31 | Zhu Y., Piehowski P. D., Zhao R., Chen J., Shen Y., Moore R. J., Shukla A. K., Petyuk V. A., Campbell⁃Thompson M., Mathews C. E., Smith R. D., Qian W. J., Kelly R. T., Nat. Commun., 2018, 9(1), 882 |
32 | Liang Y., Acor H., McCown M. A., Nwosu A. J., Boekweg H., Axtell N. B., Truong T., Cong Y., Payne S. H., Kelly R. T., Anal. Chem., 2021, 93(3), 1658—1666 |
33 | Woo J., Williams S. M., Markillie L. M., Feng S., Tsai C. F., Aguilera⁃Vazquez V., Sontag R. L., Moore R. J., Hu D., Mehta H. S., Cantlon⁃Bruce J., Liu T., Adkins J. N., Smith R. D., Clair G. C., Pasa⁃Tolic L., Zhu Y., Nat. Commun., 2021, 12(1), 6246 |
34 | Specht H., Harmange G., Perlman D. H., Emmott E., Niziolek Z., Budnik B., Slavov N., bioRxiv, 2018, 399774[2018⁃08⁃25]. https: //doi.org/10.1101/399774 |
35 | Leduc A., Huffman R. G., Cantlon J., Khan S., Slavov N., Genome Biol., 2022, 23(1), 261 |
36 | Li Y., Li H., Xie Y., Chen S., Qin R., Dong H., Yu Y., Wang J., Qian X., Qin W., Anal. Chem., 2021, 93(42), 14059—14067 |
37 | Brunner A. D., Thielert M., Vasilopoulou C., Ammar C., Coscia F., Mund A., Hoerning O. B., Bache N., Apalategui A., Lubeck M., Richter S., Fischer D. S., Raether O., Park M. A., Meier F., Theis F. J., Mann M., Mol. Syst. Biology, 2022, 18(3), e10798 |
38 | Krieger J. R., Wybenga⁃Groot L. E., Tong J., Bache N., Tsao M. S., Moran M. F., J. Proteome Res., 2019, 18(5), 2346—2353 |
39 | Hartlmayr D., Ctortecka C., Seth A., Mendjan S., Tourniaire G., Mechtler K., bioRxiv, 2021, 2021.04.14.439828. https: //doi. org/10.1101/2021.04.14.439828 |
40 | Ye Z., Sabatier P., van der Hoeven L., Phlairaharn T., Hartlmayr D., Izaguirre F., Seth A., Joshi H. J., Bekker⁃Jensen D. B., Bache N., Olsen J. V., bioRxiv, 2023, 2023.11.27.568953[2023⁃11⁃28]. https: //doi.org/10.1101/2023.11.27.568953 |
41 | Ye Z., Sabatier P., Martin⁃Gonzalez J., Eguchi A., Lechner M., Østergaard O., Xie J., Guo Y., Schultz L., Truffer R., Bekker⁃Jensen D. B., Bache N., Olsen J. V., Nat. Commun., 2024, 15(1), 2474 |
42 | Wilson S. R., Olsen C., Lundanes E., Analyst, 2019, 144(24), 7090—7104 |
43 | Cong Y., Liang Y., Motamedchaboki K., Huguet R., Truong T., Zhao R., Shen Y., Lopez⁃Ferrer D., Zhu Y., Kelly R. T., Anal. Chem., 2020, 92(3), 2665—2671 |
44 | Cong Y., Motamedchaboki K., Misal S. A., Liang Y., Guise A. J., Truong T., Huguet R., Plowey E. D., Zhu Y., Lopez⁃Ferrer D., Kelly R. T., Chem. Sci., 2021, 12(3), 1001—1006 |
45 | Liang Y., Wang C., Liang Z., Zhang L., Zhang Y., Anal. Chem., 2022, 94(16), 6084—6088 |
46 | Xiang P., Zhu Y., Yang Y., Zhao Z., Williams S. M., Moore R. J., Kelly R. T., Smith R. D., Liu S., Anal. Chem., 2020, 92(7), 4711—4715 |
47 | Stejskal K., Op de Beeck J., Dürnberger G., Jacobs P., Mechtler K., Anal. Chem., 2021, 93(25), 8704—8710 |
48 | Petrosius V., Aragon⁃Fernandez P., Üresin N., Kovacs G., Phlairaharn T., Furtwängler B., Op De Beeck J., Skovbakke S. L., Goletz S., Thomsen S. F., Keller U. A. D., Natarajan K. N., Porse B. T., Schoof E. M., Nat. Commun., 2023, 14(1), 5910 |
49 | Matzinger M., Schmücker A., Yelagandula R., Stejskal K., Krššáková G., Berger F., Mechtler K., Mayer R. L., Nat. Commun., 2024, 15(1), 1019 |
50 | Qin S. J., Bai Y., Liu H. W., Chin. J. Chromatogr., 2021, 39(2), 142—151 |
秦少杰, 白玉, 刘虎威. 色谱, 2021, 39(2), 142—151 | |
51 | Tabb D. L., Vega⁃Montoto L., Rudnick P. A., Variyath A. M., Ham A. J. L., Bunk D. M., Kilpatrick L. E., Billheimer D. D., Blackman R. K., Cardasis H. L., Carr S. A., Clauser K. R., Jaffe J. D., Kowalski K. A., Neubert T. A., Regnier F. E., Schilling B., Tegeler T. J., Wang M., Wang P., Whiteaker J. R., Zimmerman L. J., Fisher S. J., Gibson B. W., Kinsinger C. R., Mesri M., Rodriguez H., Stein S. E., Tempst P., Paulovich A. G., Liebler D. C., Spiegelman C., J. Proteome Res., 2010, 9(2), 761—776 |
52 | Ludwig C., Gillet L., Rosenberger G., Amon S., Collins B. C., Aebersold R., Mol. Syst. Biology, 2018, 14(8), e8126 |
53 | Zhang F., Ge W., Ruan G., Cai X., Guo T., Proteomics, 2020, 20(17/18), 1900276 |
54 | Hou X. H., Zhou P. Y., Gong P. Y., Fu J. L., Liu C., Wang H. P., Prog. Biochem. Biophys., 2022, 49(12), 2364—2386 |
侯鑫行, 周丕宇, 宫鹏云, 付嘉乐, 刘超, 王海鹏. 生物化学与生物物理进展, 2022, 49(12), 2364—2386 | |
55 | Lou R., Shui W., Mol. Cell. Proteomics, 2024, 23(2), 100712 |
56 | Searle B. C., Swearingen K. E., Barnes C. A., Schmidt T., Gessulat S., Küster B., Wilhelm M., Nat. Commun., 2020, 11(1), 1548 |
57 | Phlairaharn T., Ye Z., Krismer E., Pedersen A. K., Pietzner M., Olsen J. V., Schoof E. M., Searle B. C., Anal. Chem., 2023, 95(26), 9881—9891 |
58 | Matzinger M., Müller E., Dürnberger G., Pichler P., Mechtler K., Anal. Chem., 2023, 95(9), 4435—4445 |
59 | Guzman U. H., Martinez⁃Val A., Ye Z., Damoc E., Arrey T. N., Pashkova A., Renuse S., Denisov E., Petzoldt J., Peterson A. C., Harking F., Østergaard O., Rydbirk R., Aznar S., Stewart H., Xuan Y., Hermanson D., Horning S., Hock C., Makarov A., Zabrouskov V., Olsen J. V., Nat. Biotechnol., 2024[2024⁃02⁃01]. https: //doi.org/10.1038/s41587⁃023⁃02099⁃7 |
60 | Bubis J. A., Arrey T. N., Damoc E., Delanghe B., Slovakova J., Sommer T. M., Kagawa H., Pichler P., Rivron N., Mechtler K., Matzinger M., bioRxiv, 2024, 2024.02.01.578358[2024⁃02⁃27]. https: //doi.org/10.1101/2024.02.01.578358 |
61 | Bekker⁃Jensen D. B., Martínez⁃Val A., Steigerwald S., Rüther P., Fort K. L., Arrey T. N., Harder A., Makarov A., Olsen J. V., Mol. Cell. Proteomics, 2020, 19(4), 716—729 |
62 | Reilly L., Lara E., Ramos D., Li Z., Pantazis C. B., Stadler J., Santiana M., Roberts J., Faghri F., Hao Y., Nalls M. A., Narayan P., Liu Y., Singleton A. B., Cookson M. R., Ward M. E., Qi Y. A., Cell Rep. Methods, 2023, 3(10), 100593 |
63 | Ridgeway M. E., Lubeck M., Jordens J., Mann M., Park M. A., Int. J. Mass Spectrom., 2018, 425, 22—35 |
64 | Vasilopoulou C. G., Sulek K., Brunner A. D., Meitei N. S., Schweiger⁃Hufnagel U., Meyer S. W., Barsch A., Mann M., Meier F., Nat. Commun., 2020, 11(1), 331 |
65 | Meier F., Brunner A. D., Frank M., Ha A., Bludau I., Voytik E., Kaspar⁃Schoenefeld S., Lubeck M., Raether O., Bache N., Aebersold R., Collins B. C., Röst H. L., Mann M., Nat. Methods, 2020, 17(12), 1229—1236 |
66 | Skowronek P., Thielert M., Voytik E., Tanzer M. C., Hansen F. M., Willems S., Karayel O., Brunner A. D., Meier F., Mann M., Mol. Cell. Proteomics, 2022, 21(9), 100279 |
67 | Szyrwiel L., Sinn L., Ralser M., Demichev V., bioRxiv, 2022, 2022.10.31.514544[2022⁃10⁃31]. https: //doi.org/10.1101/2022.10. 31.514544 |
68 | Moseley M. A., Hughes C. J., Juvvadi P. R., Soderblom E. J., Lennon S., Perkins S. R., Thompson J. W., Steinbach W. J., Geromanos S. J., Wildgoose J., Langridge J. I., Richardson K., Vissers J. P. C., J. Proteome Res., 2018, 17(2), 770—779 |
69 | Messner C. B., Demichev V., Bloomfield N., Yu J. S. L., White M., Kreidl M., Egger A. S., Freiwald A., Ivosev G., Wasim F., Zelezniak A., Jürgens L., Suttorp N., Sander L. E., Kurth F., Lilley K. S., Mülleder M., Tate S., Ralser M., Nat. Biotechnol., 2021, 39(7), 846—854 |
70 | Skowronek P., Krohs F., Lubeck M., Wallmann G., Itang E. C. M., Koval P., Wahle M., Thielert M., Meier F., Willems S., Raether O., Mann M., Mol. Cell. Proteomics, 2023, 22(2), 100489 |
71 | Distler U., Łącki M. K., Startek M. P., Teschner D., Brehmer S., Decker J., Schild T., Krieger J., Krohs F., Raether O., Hildebrandt A., Tenzer S., bioRxiv, 2023, 2023.01.30.526204[2023⁃02⁃02]. https: //doi.org/10.1101/2023.01.30.526204 |
72 | Tian X., Permentier H. P., Bischoff R., Mass Spectrom. Rev., 2023, 42(2), 546—576 |
73 | Li J., Van Vranken J. G., Pontano Vaites L., Schweppe D. K., Huttlin E. L., Etienne C., Nandhikonda P., Viner R., Robitaille A. M., Thompson A. H., Kuhn K., Pike I., Bomgarden R. D., Rogers J. C., Gygi S. P., Paulo J. A., Nat. Methods, 2020, 17(4), 399—404 |
74 | Ning X., Li Q., Zi J., Mei Z., Liu J., Zhang Y., Bi M., Ren Y., Liu X., Lv C., Yao H., Sun J., Rao F., Li S., Liu S., Anal. Chem., 2023, 95(13), 5788—5795 |
75 | Budnik B., Levy E., Harmange G., Slavov N., Genome Biol., 2018, 19(1), 161 |
76 | Petelski A. A., Emmott E., Leduc A., Huffman R. G., Specht H., Perlman D. H., Slavov N., Nat. Protoc., 2021, 16(12), 5398—5425 |
77 | Specht H., Emmott E., Petelski A. A., Huffman R. G., Perlman D. H., Serra M., Kharchenko P., Koller A., Slavov N., Genome Biol., 2021, 22(1), 50 |
78 | Derks J., Leduc A., Wallmann G., Huffman R. G., Willetts M., Khan S., Specht H., Ralser M., Demichev V., Slavov N., Nat. Biotechnol., 2023, 41(1), 50—59 |
79 | Kang U. B., Yeom J., Kim H., Lee C., J. Proteome Res., 2010, 9(7), 3750—3758 |
80 | Thielert M., Itang E. C. M., Ammar C., Rosenberger F. A., Bludau I., Schweizer L., Nordmann T. M., Skowronek P., Wahle M., Zeng W. F., Zhou X. X., Brunner A. D., Richter S., Levesque M. P., Theis F. J., Steger M., Mann M., Mol. Syst. Biology, 2023, 19(9), e11503 |
81 | Nesvizhskii A. I., J. Proteomics, 2010, 73(11), 2092—2123 |
82 | Mallick P., Kuster B., Nat. Biotechnol., 2010, 28(7), 695—709 |
83 | Noor Z., Ahn S. B., Baker M. S., Ranganathan S., Mohamedali A., Brief. Bioinform., 2021, 22(2), 1620—1638 |
84 | Tyanova S., Temu T., Cox J., Nat. Protoc., 2016, 11(12), 2301—2319 |
85 | Kong A. T., Leprevost F. V., Avtonomov D. M., Mellacheruvu D., Nesvizhskii A. I., Nat. Methods, 2017, 14(5), 513—520 |
86 | da Veiga Leprevost F., Haynes S. E., Avtonomov D. M., Chang H. Y., Shanmugam A. K., Mellacheruvu D., Kong A. T., Nesvizhskii A. I., Nat. Methods, 2020, 17(9), 869—870 |
87 | Chi H., Liu C., Yang H., Zeng W. F., Wu L., Zhou W. J., Wang R. M., Niu X. N., Ding Y. H., Zhang Y., Wang Z. W., Chen Z. L., Sun R. X., Liu T., Tan G. M., Dong M. Q., Xu P., Zhang P. H., He S. M., Nat. Biotechnol., 2018, 36(11), 1059—1061 |
88 | Boekweg H., Van Der Watt D., Truong T., Johnston S. M., Guise A. J., Plowey E. D., Kelly R. T., Payne S. H., J. Proteome Res., 2022, 21(1), 182—188 |
89 | Huffman R. G., Chen A., Specht H., Slavov N., J. Proteome Res., 2019, 18(6), 2493—2500 |
90 | Chen A. T., Franks A., Slavov N., Plos Comput. Biol., 2019, 15(7), e1007082 |
91 | Wang B., Wang Y., Chen Y., Gao M., Ren J., Guo Y., Situ C., Qi Y., Zhu H., Li Y., Guo X., Brief. Bioinform., 2022, 23(4), bbac214 |
92 | Yu F., Haynes S. E., Nesvizhskii A. I., Mol. Cell. Proteomics, 2021, 20, 100077 |
93 | Kalxdorf M., Müller T., Stegle O., Krijgsveld J., Nat. Commun., 2021, 12(1), 4787 |
94 | Tsou C. C., Avtonomov D., Larsen B., Tucholska M., Choi H., Gingras A. C., Nesvizhskii A. I., Nat. Methods, 2015, 12(3), 258—264 |
95 | Röst H. L., Rosenberger G., Navarro P., Gillet L., Miladinović S. M., Schubert O. T., Wolski W., Collins B. C., Malmström J., Malmström L., Aebersold R., Nat. Biotechnol., 2014, 32(3), 219—223 |
96 | Zhou X. X., Zeng W. F., Chi H., Luo C., Liu C., Zhan J., He S. M., Zhang Z., Anal. Chem., 2017, 89(23), 12690—12697 |
97 | Cox J., Nat. Biotechnol., 2023, 41(1), 33—43 |
98 | Gessulat S., Schmidt T., Zolg D. P., Samaras P., Schnatbaum K., Zerweck J., Knaute T., Rechenberger J., Delanghe B., Huhmer A., Reimer U., Ehrlich H. C., Aiche S., Kuster B., Wilhelm M., Nat. Methods, 2019, 16(6), 509—518 |
99 | Tiwary S., Levy R., Gutenbrunner P., Salinas Soto F., Palaniappan K. K., Deming L., Berndl M., Brant A., Cimermancic P., Cox J., Nat. Methods, 2019, 16(6), 519—525 |
100 | Yang Y., Liu X., Shen C., Lin Y., Yang P., Qiao L., Nat. Commun., 2020, 11(1), 146 |
101 | Lou R., Liu W., Li R., Li S., He X., Shui W., Nat. Commun., 2021, 12(1), 6685 |
102 | Lou R., Tang P., Ding K., Li S., Tian C., Li Y., Zhao S., Zhang Y., Shui W., iScience, 2020, 23(3), 100903 |
103 | Hao Y., Chen M., Huang X., Xu H., Wu P., Chen S., Anal. Chem., 2023, 95(37), 14077—14085 |
104 | Chen M., Zhu P., Wan Q., Ruan X., Wu P., Hao Y., Zhang Z., Sun J., Nie W., Chen S., Anal. Chem., 2023, 95(19), 7495—7502 |
105 | Zeng W. F., Zhou X. X., Willems S., Ammar C., Wahle M., Bludau I., Voytik E., Strauss M. T., Mann M., Nat. Commun., 2022, 13(1), 7238 |
106 | Yang Y., Lin L., Qiao L., Expert. Rev. Proteomics, 2021, 18(12), 1031—1043 |
107 | Rosenberger G., Bludau I., Schmitt U., Heusel M., Hunter C. L., Liu Y., MacCoss M. J., MacLean B. X., Nesvizhskii A. I., Pedrioli P. G. A., Reiter L., Röst H. L., Tate S., Ting Y. S., Collins B. C., Aebersold R., Nat. Methods, 2017, 14(9), 921—927 |
108 | Siyal A. A., Chen E. S. W., Chan H. J., Kitata R. B., Yang J. C., Tu H. L., Chen Y. J., Anal. Chem., 2021, 93(51), 17003—17011 |
109 | Searle B. C., Pino L. K., Egertson J. D., Ting Y. S., Lawrence R. T., MacLean B. X., Villén J., MacCoss M. J., Nat. Commun., 2018, 9(1), 5128 |
110 | Demichev V., Messner C. B., Vernardis S. I., Lilley K. S., Ralser M., Nat. Methods, 2020, 17(1), 41—44 |
111 | Demichev V., Szyrwiel L., Yu F., Teo G. C., Rosenberger G., Niewienda A., Ludwig D., Decker J., Kaspar⁃Schoenefeld S., Lilley K. S., Mülleder M., Nesvizhskii A. I., Ralser M., Nat. Commun., 2022, 13(1), 3944 |
112 | Yu F., Teo G. C., Kong A. T., Fröhlich K., Li G. X., Demichev V., Nesvizhskii A. I., Nat. Commun., 2023, 14(1), 4154 |
113 | Bruderer R., Bernhardt O. M., Gandhi T., Miladinović S. M., Cheng L. Y., Messner S., Ehrenberger T., Zanotelli V., Butscheid Y., Escher C., Vitek O., Rinner O., Reiter L., Mol. Cell. Proteomics, 2015, 14(5), 1400—1410 |
114 | Bekker⁃Jensen D. B., Bernhardt O. M., Hogrebe A., Martinez⁃Val A., Verbeke L., Gandhi T., Kelstrup C. D., Reiter L., Olsen J. V., Nat. Commun., 2020, 11(1), 787 |
115 | Muntel J., Gandhi T., Verbeke L., Bernhardt O. M., Treiber T., Bruderer R., Reiter L., Mol. Omics, 2019, 15(5), 348—360 |
116 | Tsai C. F., Zhao R., Williams S. M., Moore R. J., Schultz K., Chrisler W. B., Pasa⁃Tolic L., Rodland K. D., Smith R. D., Shi T., Zhu Y., Liu T., Mol. Cell. Proteomics, 2020, 19(5), 828—838 |
117 | Schoof E. M., Furtwängler B., Üresin N., Rapin N., Savickas S., Gentil C., Lechman E., Keller U. a. d., Dick J. E., Porse B. T., Nat. Commun., 2021, 12(1), 3341 |
118 | Orsburn B. C., Yuan Y., Bumpus N. N., Nat. Commun., 2022, 13(1), 7246 |
119 | Petrosius V., Aragon⁃Fernandez P., Arrey T. N., Üresin N., Furtwängler B., Stewart H., Denisov E., Petzoldt J., Peterson A. C., Hock C., Damoc E., Makarov A., Zabrouskov V., Porse B. T., Schoof E. M., bioRxiv, 2023, 2023.06.06.543943[2023⁃06⁃08]. https: //doi.org/10.1101/2023.06.06.543943 |
120 | Jiang Y. R., Zhu L., Cao L. R., Wu Q., Chen J. B., Wang Y., Wu J., Zhang T. Y., Wang Z. L., Guan Z. Y., Xu Q. Q., Fan Q. X., Shi S. W., Wang H. F., Pan J. Z., Fu X. D., Wang Y., Fang Q., Cell Rep., 2023, 42(11), 113455 |
121 | Wu J., Xu Q. Q., Jiang Y. R., Chen J. B., Ying W. X., Fan Q. X., Wang H. F., Wang Y., Shi S. W., Pan J. Z., Fang Q., Anal. Chem., 2024, 96(14), 5499—5508 |
122 | Gatto L., Aebersold R., Cox J., Demichev V., Derks J., Emmott E., Franks A. M., Ivanov A. R., Kelly R. T., Khoury L., Leduc A., MacCoss M. J., Nemes P., Perlman D. H., Petelski A. A., Rose C. M., Schoof E. M., Van Eyk J., Vanderaa C., Yates J. R., Slavov N., Nat. Methods, 2023, 20(3), 375—386 |
123 | Caufield J. H., Fu J., Wang D., Guevara⁃Gonzalez V., Wang W., Ping P., J. Proteome Res., 2021, 20(5), 2182—2186 |
124 | Wang F., Liu C., Li J., Yang F., Song J., Zang T., Yao J., Wang G., Nucleic Acids Res., 2024, 52(D1), D562⁃D571 |
125 | Li W., Yang F., Wang F., Rong Y., Liu L., Wu B., Zhang H., Yao J., Nat. Methods, 2024, 21(4), 623—634 |
126 | Wang F., Yang F., Huang L., Li W., Song J., Gasser R. B., Aebersold R., Wang G., Yao J., Nat. Mach. Intell., 2023, 5(11), 1236—1249 |
[1] | CAO Ting, SHU Weikang, WAN Jingjing. Plasmonic Composites Aid Semi-quantitative Analysis and Identification of Low-molecular-weight Metabolites by Mass Spectrometry [J]. Chem. J. Chinese Universities, 2024, 45(11): 20240325. |
[2] | ZHANG Yihan, HUA Tianyu, HOU Shijiao, ZHANG Yangyang, YIN Dan, JI Xiangbo, ZHANG Yanhao, PEI Congcong, ZHANG Shusheng. Tip Fe2O3 Nanorods Driven High-performance Mass Spectrometry Analysis for Constructing Metabolic Fingerprint of PM2.5-exposed Mice [J]. Chem. J. Chinese Universities, 2024, 45(11): 20240376. |
[3] | DONG Peiying, LIU Tong, QIN Weijie. A New Method for Large-scale Enrichment and Stepwise Identification of RNA-protein Complexes [J]. Chem. J. Chinese Universities, 2024, 45(11): 20240091. |
[4] | JIN Ying, ZHANG Junjie, ZHANG Yixin, YUAN Yue, HAN Zhenzhen. Research Progress in Exosome Isolation and Proteomics Analysis [J]. Chem. J. Chinese Universities, 2024, 45(11): 20240305. |
[5] | HU Yuhong, YU Xiangming, SONG Lili, XING Qinghe, ZHOU Feng. Dynamic Proteome Profiling of Neonatal Hair Shaft Using DEEP SEQ Method [J]. Chem. J. Chinese Universities, 2024, 45(11): 20240326. |
[6] | XU Xia, QIN Weida, LI Ruomeng, WANG Qianqian, LIU Ning, LI Gongyu. Mass Spectrometry-based Deep Coverage Proteome: Evaluation of Cellular Protein Extraction Methods [J]. Chem. J. Chinese Universities, 2024, 45(11): 20240344. |
[7] | XU Hongmei, WANG Liangchen, MIN Qianhao. Advances in MALDI MS Matrices for the Detection of Small Molecules [J]. Chem. J. Chinese Universities, 2024, 45(11): 20240285. |
[8] | HUANG Yuying, YU Chengkun, LIU Siqi, REN Yan. Cell Map of Mouse Peripheral Blood Mononuclear Cells with a Label-free Single-cell Proteomics Method [J]. Chem. J. Chinese Universities, 2024, 45(11): 20240355. |
[9] | LIU Siying, SU Wen, ZHOU Zhongyan, YANG Zhiyu, PEI Huafu, HE Zhiru, WANG Na, YUE Lei. Protein-Small Molecule Interaction Electrospray Ionization Mass Spectrometry Study of the Ubiquitin/Adenosine Triphoshate Couple over Temperature Variation [J]. Chem. J. Chinese Universities, 2024, 45(11): 20240382. |
[10] | SHEN Fenglin, FENG Zhaoying, FANG Jing, ZHANG Lei, LIU Xiaohui, ZHOU Xinwen. New Technologies for Mass Spectrometry-based Single-cell Resolved Spatial Proteomics Research [J]. Chem. J. Chinese Universities, 2024, 45(11): 20240299. |
[11] | HUO Zhiyuan, ZHOU Jinping, MA Xiumin, ZHOU Yan, HUANG Lin. Advances in Single-cell Multi-omics Analysis Based on Mass Spectrometry [J]. Chem. J. Chinese Universities, 2024, 45(11): 20240389. |
[12] | SHI Qian, LIU Dongmei, FANG Xiaoni, LIU Baohong. High-throughput Analysis of Tyrosinase Activity and Inhibitors Based on Matrix-assisted Laser Desorption/ionization Mass Spectrometry [J]. Chem. J. Chinese Universities, 2024, 45(11): 20240330. |
[13] | JIANG Yan, CHEN Yanlin, SONG Gaoyu, CHEN Yanyan, BAI Jing, ZHU Yingdi, LI Juan. Bacterial Protein Profiling [J]. Chem. J. Chinese Universities, 2024, 45(11): 20240345. |
[14] | YAN Yongjie, GAO Wenbo, LU Chenhui, YANG Cheng, XU Shuting. Detection of Coffee Polyphenols in Nanoliter Cerebrospinal Fluid by Microextraction Coupled to Nanoelectrospray Ionization Mass Spectrometry [J]. Chem. J. Chinese Universities, 2024, 45(11): 20240327. |
[15] | ZHANG Lei, SHEN Huali. Quantitative Accuracy Evaluation of Mass Spectrometry Based Proteomics Methods Commonly Used in Biomarker Research [J]. Chem. J. Chinese Universities, 2024, 45(11): 20240311. |
Viewed | ||||||
Full text |
|
|||||
Abstract |
|
|||||