高等学校化学学报

高等学校化学学报 ›› 2010, Vol. 31 ›› Issue (10): 1916.

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糖基化肽段库构建和高通量检索新方法

刘铭琪1,2, 张扬2, 陈瑶函1,2, 杨芃原1,2   

  1. 1. 复旦大学化学系, 上海 200433;
    2. 复旦大学生物医学研究院, 上海 200032
  • 收稿日期:2010-05-26 出版日期:2010-10-10 发布日期:2010-10-10
  • 通讯作者: 杨芃原, 男, 博士, 教授, 博士生导师, 主要从事蛋白质组学及生命分析化学研究. E-mail: pyyang@fudan.edu.cn
  • 基金资助:

    国家自然科学基金(批准号: 209750240)资助.

Novel Strategy for Glyco-peptide Database and High-throughput Searching

LIU Ming-Qi1,2, ZHANG Yang2, CHEN Yao-Han1,2, YANG Peng-Yuan1,2*   

  1. 1. Department of Chemistry, Fudan University, Shanghai 200433, China;
    2. Institute of Biomedical Science, Fudan University, Shanghai 200032, China
  • Received:2010-05-26 Online:2010-10-10 Published:2010-10-10
  • Contact: YANG Peng-Yuan
  • Supported by:

    国家自然科学基金(批准号: 209750240)资助.

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被引次数

4

摘要： 本研究组发展了全新的高通量糖基化肽段检索新方法, 并开发了检索软件GRIP. 新的检索方法突出了糖肽在CID碎裂时糖链发生连续丢失的特性, 同时充分运用了来自糖基化研究中已有的成熟技术所检测的位点及糖链信息, 高通量地自动解析完整糖肽的串级质谱. 我们检测了人血清样品中的糖肽, 在3次实验中一共鉴定得到4116张糖肽的串级谱图, 对应198个N-糖基化位点, 充分体现了糖基化的微观不均一性. 目前国际上关于血清糖肽谱图鉴定报道为62张谱图; 改进后的肼腙富集法鉴定到了36个N-糖基化位点; 本次鉴定结果的规模和质量均未见报道.

关键词: 蛋白质组学, 翻译后修饰, 糖基化, 串级质谱, 搜库软件

Abstract: Glycoslyation is one of the most important post-translational modifications. Although many glycosylation sites are detected through mass spectrometry, there is still lack of high-throughput bioinformatical tools for identification of intact glycopeptides. A novel software that is able to fully utilize the information derived from experiments of mass spectrometry was developed. The results reveal thousands non-redundant intact glycopeptides in a single 2D-LC run.

Key words: Proteomics, Post-translational modification, Glycoslyation, Tandem mass spectrometry, Database search software

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