遗传算法用于化学结构图的同态研究

高等学校化学学报 ›› 1999, Vol. 20 ›› Issue (1): 32.

遗传算法用于化学结构图的同态研究

蔡文生, 邵学广, 潘忠孝

中国科技大学, 合肥 230026

收稿日期:1998-03-26 出版日期:1999-01-24 发布日期:1999-01-24
通讯作者: 蔡文生,女,33岁,博士,副教授.
基金资助:
国家自然科学基金;中国科学院资助;教育部留学回国人员科研资助费资助

Study of Chemical Subgraph Isomorphism Using Genetic Algorithms

CAI Wen-Sheng, SHAO Xue-Guang, PAN Zhong-Xiao

Department of Applied Chemistry, Department of Chemistry, University of Science&Technology of China, Hefei, 230026

Received:1998-03-26 Online:1999-01-24 Published:1999-01-24

摘要/Abstract

摘要： 提出一种采用整数串编码和基于节点基因交换方式的遗传算法,并应用于化学结构图的同态研究.遗传算法在一组随机生成的表示目标结构与查询结构节点间映射关系的整数串中进行逐步优化,直到找出与查询结构匹配的映射,从而实现化学结构图的同态匹配,并实现多重匹配.

关键词: 遗传算法, 同态匹配, 子结构检索

Abstract: Agenetic algorithm(GA) using integer coding and node based crossover method, and its application in studying The chemical subgraph isomorphism were described in this paper.Aninitial population of random chromosomes representing the mapping betweent arget structure and query structure nodes is evolved by The GA to better solutions until anoptimal solution, the correct mapping, is found.Both The chemical subgraph isomorphism and The multi subgraph isomorphism were implemented.

Key words: Genetic algorithms, Subg raph isomorphism, Substructure searching

中图分类号:

O657

TrendMD:

蔡文生, 邵学广, 潘忠孝. 遗传算法用于化学结构图的同态研究. 高等学校化学学报, 1999, 20(1): 32.

CAI Wen-Sheng, SHAO Xue-Guang, PAN Zhong-Xiao . Study of Chemical Subgraph Isomorphism Using Genetic Algorithms. Chem. J. Chinese Universities, 1999, 20(1): 32.

[1]	黄明心, 周蕾, 王学重. 超声衰减谱测量电池浆料的粒度分布[J]. 高等学校化学学报, 2022, 43(6): 20220040.
[2]	张汇, 何玉韩, 唐铎, 李彦威. 基于径向基神经网络和遗传算法的槽内式选择性超声电合成甲基苯甲醛[J]. 高等学校化学学报, 2014, 35(6): 1199.
[3]	孟凡欣, 郭伟良, 逯家辉, 杜林娜, 李又欣, 滕利荣. 纤维堆囊菌发酵液中埃博霉素含量的HPLC法分析[J]. 高等学校化学学报, 2009, 30(10): 1960.
[4]	苏振强,,HONG Hui-Xiao,TONG Wei-Da,PERKINS Roger,邵学广,蔡文生,. 不相交主成分分析(PCA)和遗传算法(GA)用于差异表达基因的识别 [J]. 高等学校化学学报, 2007, 28(9): 1640.
[5]	熊建辉, 张普敦, 石先哲, 张玉奎, 许国旺. 基于遗传算法的手性毛细管电泳分离中多指标同时优化[J]. 高等学校化学学报, 2004, 25(5): 896.
[6]	邵学广, 孙莉. 免疫-遗传算法用于混合物重叠核磁共振信号解析[J]. 高等学校化学学报, 2001, 22(4): 552.
[7]	周向东, 李通化, 边防, 钱君律. 遗传算法与遗传编程的联用[J]. 高等学校化学学报, 2000, 21(2): 216.
[8]	刘平, 程翼宇. 辨识药物定量构效关系的模糊神经网络方法研究[J]. 高等学校化学学报, 2000, 21(10): 1473.
[9]	郭明, 刘文杰, 徐尊. CPSA与疏水性参数的遗传算法及神经网络法研究[J]. 高等学校化学学报, 2000, 21(1): 41.
[10]	章元, 朱尔一, 庄峙厦, 王小如. 遗传算法用于变量筛选[J]. 高等学校化学学报, 1999, 20(9): 1371.
[11]	孙卫国, 陈德钊, 陈亚秋, 胡上序. 基于遗传算法的神经网络为苯乙酰胺类农药构效关系建模的研究[J]. 高等学校化学学报, 1998, 19(6): 871.
[12]	何梅, 李通化, 丛培盛. 用数值遗传算法改进非线性PLS法进行构效关系研究[J]. 高等学校化学学报, 1997, 18(6): 854.
[13]	丛培盛, 朱仲良, 李通化. pH分布-光谱法用于背景与待测物波谱严重重叠灰色体系的定量分析[J]. 高等学校化学学报, 1997, 18(5): 716.
[14]	刘嘉, 邓勃. 遗传算法模拟计算Pb^²⁺-FA-SO₄^2-体系的化学形态分布[J]. 高等学校化学学报, 1997, 18(10): 1597.
[15]	张众杰, 李通化, 朱仲良, 丛培盛, 孙云平. 用数值遗传算法同时求解配合物稳定常数和各型体的纯光谱[J]. 高等学校化学学报, 1996, 17(8): 1210.