Chem. J. Chinese Universities ›› 2024, Vol. 45 ›› Issue (11): 20240299.doi: 10.7503/cjcu20240299
• Review • Previous Articles Next Articles
SHEN Fenglin1, FENG Zhaoying2, FANG Jing1, ZHANG Lei1, LIU Xiaohui2(), ZHOU Xinwen1(
)
Received:
2024-06-21
Online:
2024-11-10
Published:
2024-09-11
Contact:
LIU Xiaohui
E-mail:liuxiaohuijd@sjtu.edu.cn;zhouxinwen@fudan.edu.cn
Supported by:
CLC Number:
TrendMD:
SHEN Fenglin, FENG Zhaoying, FANG Jing, ZHANG Lei, LIU Xiaohui, ZHOU Xinwen. New Technologies for Mass Spectrometry-based Single-cell Resolved Spatial Proteomics Research[J]. Chem. J. Chinese Universities, 2024, 45(11): 20240299.
1 | Regev A., Teichmann S. A., Lander E. S., Amit I., Benoist C., Birney E., Bodenmiller B., Campbell P., Carninci P., Clatworthy M., Clevers H., Deplancke B., Dunham I., Eberwine J., Eils R., Enard W., Farmer A., Fugger L., Gottgens B., Hacohen N., Haniffa M., Hemberg M., Kim S., Klenerman P., Kriegstein A., Lein E., Linnarsson S., Lundberg E., Lundeberg J., Majumder P., Marioni J. C., Merad M., Mhlanga M., Nawijn M., Netea M., Nolan G., Pe'er D., Phillipakis A., Ponting C. P., Quake S., Reik W., Rozenblatt⁃Rosen O., Sanes J., Satija R., Schumacher T. N., Shalek A., Shapiro E., Sharma P., Shin J. W., Stegle O., Stratton M., Stubbington M. J. T., Theis F. J., Uhlen M., van Oudenaarden A., Wagner A., Watt F., Weissman J., Wold B., Xavier R., Yosef N., Human Cell Atlas Meeting, P. Elife, 2017, 6 |
2 | Kaern M., Elston T. C., Blake W. J., Collins J. J., Nat. Rev. Genet., 2005, 6(6), 451—464 |
3 | Altschuler S. J., Wu L. F., Cell, 2010, 141(4), 559—563 |
4 | Nat. Methods, 2021, 18(1), 1 |
5 | Tang F., Barbacioru C., Wang Y., Nordman E., Lee, C., Xu N., Wang X., Bodeau J., Tuch B. B., Siddiqui A., Lao K., Surani M. A., Nat. Methods, 2009, 6(5), 377—382 |
6 | Mamlouk S., Childs L. H., Aust D., Heim D., Melching F., Oliveira C., Wolf T., Durek P., Schumacher D., Blaker H., von Winterfeld M., Gastl B., Mohr K., Menne A., Zeugner S., Redmer T., Lenze D., Tierling S., Mobs M., Weichert W., Folprecht G., Blanc E., Beule D., Schafer R., Morkel M., Klauschen F., Leser U., Sers C., Nat. Commun., 2017, 8, 14093 |
7 | Aebersold R., Mann M., Nature, 2016, 537(7620), 347—355 |
8 | Cui L., Lu H., Lee Y. H., Mass Spectrom. Rev., 2018, 37(6), 772—792 |
9 | Lanekoff I., Sharma V. V., Marques C., Curr. Opin. Biotechnol., 2022, 75, 102693 |
10 | Davis S., Scott C., Oetjen J., Charles P. D., Kessler B. M., Ansorge O., Fischer R., Nat. Commun., 2023, 14(1), 7710 |
11 | Vistain L. F., Tay S., Trends Biochem. Sci., 2021, 46(8), 661—672 |
12 | Yang S., Xiong Y., Du Y., Wang Y. J., Zhang L., Shen F., Liu Y. J., Liu X., Yang P., Anal. Chem., 2022, 94(2), 768—776 |
13 | Arias⁃Hidalgo C., Juanes⁃Velasco P., Landeira⁃Vinuela A., Garcia⁃Vaquero M. L., Montalvillo E., Gongora R., Hernandez A. P., Fuentes M., Int. J. Mol. Sci., 2022, 23(12), 6707—6725. |
14 | Melby J. A., Brown K. A., Gregorich Z. R., Roberts D. S., Chapman E. A., Ehlers L. E., Gao Z., Larson E. J., Jin Y., Lopez J. R., Hartung J., Zhu Y., McIlwain S. J., Wang D., Guo W., Diffee G. M., Ge Y., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2023, 120(19), e2222081120 |
15 | Johnson K. R., Gao Y., Gregus M., Ivanov A. R., Anal. Chem., 2022, 94(41), 14358—14367 |
16 | Brown M., Wittwer C., Clin. Chem., 2000, 46(8 Pt 2), 1221—1229 |
17 | Valet G., J. Biol. Regul. Homeost. Agents., 2003, 17(3), 213—222 |
18 | Davey H. M., Kell D. B., Microbiol. Rev., 1996, 60(4), 641—696 |
19 | Lacombe F., Belloc F., Hematol. Cell Ther., 1996, 38(6), 495—504 |
20 | McCoy J. P. Jr., Carey J. L., Immunol. Ser., 1990, 53, 171—187 |
21 | Fröhlich J., König H., Fems. Microbiol. Rev., 2000, 24(5), 567—572 |
22 | Wright G., Tucker M. J., Morton P. C., Sweitzer⁃Yoder C. L., Smith S. E., Curr. Opin. Obstet. Gyn., 1998, 10(3), 221—226 |
23 | Emmert⁃Buck M. R., Bonner R. F., Smith P. D., Chuaqui R. F., Zhuang Z., Goldstein S. R., Weiss R. A., Liotta L. A., Science, 1996, 274(5289), 998—1001 |
24 | Liu A., JBT., 2010, 21(3), 120—125 |
25 | Mund A., Coscia F., Kriston A., Hollandi R., Kovacs F., Brunner A. D., Migh E., Schweizer L., Santos A., Bzorek M., Naimy S., Rahbek⁃Gjerdrum L. M., Dyring⁃Andersen B., Bulkescher J., Lukas C., Eckert M. A., Lengyel E., Gnann C., Lundberg E., Horvath P., Mann M., Nat. Biotechnol., 2022, 40(8), 1231—1240 |
26 | Hu P., Zhang W., Xin H., Deng G., Front. Cell Dev. Biol., 2016, 4, 116 |
27 | Bandura D. R., Baranov V. I., Ornatsky O. I., Antonov A., Kinach R., Lou X., Pavlov S., Vorobiev S., Dick J. E., Tanner S. D., Anal. Chem., 2009, 81(16), 6813—6822 |
28 | Yoshida Y., Yoshio S., Yamazoe T., Mori T., Tsustui Y., Kawai H., Yoshikawa S., Fukuhara T., Okamoto T., Ono Y., Takahashi Y., Hashida R., Kawaguchi T., Taketomi A., Kanto T., Cells, 2021, 10(6), 1495 |
29 | Spitzer M. H., Gherardini P. F., Fragiadakis G. K., Bhattacharya N., Yuan R. T., Hotson A. N., Finck R., Carmi Y., Zunder E. R., Fantl W. J., Bendall S. C., Engleman E. G., Nolan G. P., Science, 2015, 349(6244), 1259425 |
30 | Bodenmiller B., Zunder E. R., Finck R., Chen T. J., Savig E. S., Bruggner R. V., Simonds E. F., Bendall S. C., Sachs K., Krutzik P. O., Nolan G. P., Nat. Biotechnol., 2012, 30(9), 858—867 |
31 | Krishnaswamy S., Spitze, M. H., Mingueneau M., Bendall S. C., Litvin O., Stone E., Pe'er D., Nolan G. P., Science, 2014, 346(6213), 1250689 |
32 | Giesen C., Wang H. A., Schapiro D., Zivanovic N., Jacobs A., Hattendorf B., Schuffler P. J., Grolimund D., Buhmann J. M., Brandt S., Varga Z., Wild P. J., Gunther D., Bodenmiller B., Nat. Methods, 2014, 11(4), 417—422 |
33 | Lohani V., Anikumar R. A., Kundu S., Akhter M. Q., Bag S., ACS Omega, 2023, 8(20), 17499—17510 |
34 | Norris J. L., Caprioli R. M., Chem. Rev., 2013, 113(4), 2309—2342 |
35 | Flatley B., Malone P., Cramer R., Biochimica. Et. biophysica. Acta., 2014, 1844(5), 940—949 |
36 | Schnackenberg L. K., Thorn D. A., Barnette D., Jones E. E., Metab. Brain. Dis., 2022, 37(1), 105—121 |
37 | Zhu X., Xu T., Peng C., Wu S., Front. Chem., 2021, 9, 782432 |
38 | Moginger U., Marcussen N., Jensen O. N., Oncotarget, 2020, 11(44), 3998—4015 |
39 | Hoffmann F., Umbreit C., Kruger T., Pelzel D., Ernst G., Kniemeyer O., Guntinas⁃Lichius O., Berndt A., von Eggeling F., Proteomics Clin. Appl., 2019, 13(1), e1700173 |
40 | Malaker S. A., Quanico J., Raffo⁃Romero A., Kobeissy F., Aboulouard S., Tierny D., Bertozzi C. R., Fournier I., Salzet M., Cell Chem. Biol., 2022, 29(1), 30—42 e34 |
41 | Kompauer M., Heiles S., Spengler B., Nat. Methods, 2017, 14(1), 90—96 |
42 | Mund A., Brunner A. D., Mann M., Mol. Cell, 2022, 82(12), 2335—2349 |
43 | Li Z. Y., Huang M., Wang X. K., Zhu Y., Li J. S., Wong C. C. L., Fang Q., Anal. Chem., 2018, 90(8), 5430—5438 |
44 | Wang Y., Guan Z. Y., Shi S. W., Jiang Y. R., Zhang J., Yang Y., Wu Q., Wu J., Chen J. B., Ying W. X., Xu Q. Q., Fan Q. X., Wang H. F., Zhou L., Wang L., Fang J., Pan J. Z., Fang Q., Nat. Commun., 2024, 15(1), 1279 |
45 | Zhu Y., Piehowski P. D., Zhao R., Chen J., Shen Y., Moore R. J., Shukla A. K., Petyuk V. A., Campbell⁃Thompson M., Mathews C. E., Smith R. D., Qian W. J., Kelly R. T., Nat. Commun., 2018, 9(1), 882 |
46 | Zhu Y., Clair G., Chrisler W. B., Shen Y., Zhao R., Shukla A. K., Moore R. J., Misra R. S., Pryhuber G. S., Smith R. D., Ansong C., Kelly R. T., Angew. Chem. Int. Ed. Engl., 2018, 57(38), 12370—12374 |
47 | Truong T., Webber K. G. I., Madisyn Johnston S., Boekweg H., Lindgren C. M., Liang Y., Nydegger A., Xie X., Tsang T. M., Jayatunge D., Andersen J. L., Payne S. H., Kelly R. T., Angew. Chem. Int. Ed. Engl., 2023, 62(34), e202303415 |
48 | Zhu Y., Dou M., Piehowski P. D., Liang Y., Wang F., Chu R. K., Chrisler W. B., Smith J. N., Schwarz K. C., Shen Y., Shukla A. K., Moore R. J., Smith R. D., Qian W. J., Kelly R. T., Mol. Cell Proteomics, 2018, 17(9), 1864—1874 |
49 | Xu K., Liang Y., Piehowski P. D., Dou M., Schwarz K. C., Zhao R., Sontag R. L., Moore R. J., Zhu Y., Kelly R. T., Anal. Bioanal. Chem., 2019, 411(19), 4587—4596 |
50 | Liang Y., Zhu Y., Dou M., Xu K., Chu R. K., Chrisler W. B., Zhao R., Hixson K. K., Kelly R. T., Anal. Chem., 2018, 90(18), 11106—11114 |
51 | Gebreyesus S. T., Siyal A. A., Kitata R. B., Chen E. S., Enkhbayar B., Angata, T., Lin K. I., Chen Y. J., Tu H. L., Nat. Commun., 2022, 13(1), 37 |
52 | Yang Z., Jin K., Chen Y., Liu Q., Chen H., Hu S., Wang Y., Pan Z., Feng F., Shi M., Xie H., Ma H., Zhou H., JACS Au, 2024, 4(5), 1811—1823 |
53 | Brunner A. D., Thielert M., Vasilopoulou C., Ammar C., Coscia F., Mund A., Hoerning O. B., Bache N., Apalategui A., Lubeck M., Richter S., Fischer D. S., Raether O., Park M. A., Meier F., Theis F. J., Mann M., Mol. Syst. Biol., 2022, 18(3), e10798 |
54 | Specht H., Harmange G., Perlman D. H., Emmott E., Niziolek Z., Budnik B., Slavov N., bioRxiv., 2018, doi: org/10.1101/399774. |
55 | Leduc A., Huffman R. G., Cantlon J., Khan S., Slavov N., Genome Biol., 2022, 23(1), 261—290 |
56 | Ye Z., Sabatier P., Martin⁃Gonzalez J., Eguchi A., Lechner M., Ostergaard O., Xie J., Guo Y., Schultz L., Truffer R., Bekker⁃Jensen D. B., Bache N., Olsen J. V., Nat. Commun., 2024, 15(1), 2474 |
57 | Shao X., Wang X., Guan S., Lin H., Yan G., Gao M., Deng C., Zhang X., Anal. Chem., 2018, 90(23), 14003—14010 |
58 | Masuda T., Inamori Y., Furukawa A., Yamahiro M., Momosaki K., Chang C. H., Kobayashi D., Ohguchi H., Kawano Y., Ito S., Araki N., Ong S. E., Ohtsuki S., Anal. Chem., 2022, 94(29), 10329—10336 |
59 | Tsai C. F., Zhang P., Scholten D., Martin K., Wang Y. T., Zhao R., Chrisler W. B., Patel D. B., Dou M., Jia Y., Reduzzi C., Liu X., Moore R. J., Burnum⁃Johnson K. E., Lin M. H., Hsu C. C., Jacobs J. M., Kagan J., Srivastava S., Rodland K. D., Steven Wiley H., Qian W. J., Smith R. D., Zhu Y., Cristofanilli M., Liu T., Liu H., Shi T., Commun. Biol., 2021, 4(1), 265 |
60 | Yang S., Han Y., Li Y., Zhang L., Yan G., Yuan J., Luo Q., Shen H., Liu X., Anal. Chem., 2023, 95(28), 10703—10712 |
61 | Bhatia H. S., Brunner A. D., Ozturk F., Kapoor S., Rong Z., Mai H., Thielert M., Ali M., Al⁃Maskari R., Paetzold J. C., Kofler F., Todorov M. I., Molbay M., Kolabas Z. I., Negwer M., Hoeher L., Steinke H., Dima A., Gupta B., Kaltenecker D., Caliskan O. S., Brandt D., Krahmer N., Muller S., Lichtenthaler S. F., Hellal F., Bechmann I., Menze B., Theis F., Mann M., Erturk A., Cell, 2022, 185(26), 5040—5058 |
62 | Meding S., Martin K., Gustafsson O. J., Eddes J. S., Hack S., Oehler M. K., Hoffmann P., J. Proteome Res., 2013, 12(1), 308—315 |
63 | Rauser S., Marquardt C., Balluff B., Deininger S. O., Albers C., Belau E., Hartmer R., Suckau D., Specht K., Ebert M. P., Schmitt M., Aubele M., Hofler H., Walch A., J. Proteome Res., 2010, 9(4), 1854—1863 |
64 | Piehowski P. D., Zhu Y., Bramer L. M., Stratton K. G., Zhao R., Orton D. J., Moore R. J., Yuan J., Mitchell H. D., Gao Y., Webb⁃Robertson B. M., Dey S. K., Kelly R. T., Burnum⁃Johnson K. E., Nat. Commun., 2020, 11(1), 8 |
65 | Li L., Sun C., Sun Y., Dong Z., Wu R., Sun X., Zhang H., Jiang W., Zhou Y., Cen X., Cai S., Xia H., Zhu Y., Guo T., Piatkevich K. D., Nat. Commun., 2022, 13(1), 7242 |
66 | Thielert M., Itang E. C., Ammar C., Rosenberger F. A., Bludau I., Schweizer L., Nordmann T. M., Skowronek P., Wahle M., Zeng W. F., Zhou X. X., Brunner A. D., Richter S., Levesque M. P., Theis F. J., Steger M., Mann M., Mol. Syst. Biol., 2023, 19(9), e11503 |
67 | Rosenberger F. A., Thielert M., Strauss M. T., Schweizer L., Ammar, C., Madler S. C., Metousis A., Skowronek P., Wahle M., Madden K., Gote⁃Schniering J., Semenova A., Schiller H. B., Rodriguez E., Nordmann T. M., Mund A., Mann M., Nat. Methods, 2023, 20(10), 1530—1536 |
68 | Budnik B., Levy E., Harmange G., Slavov N., Genome. Biol., 2018, 19(1), 161 |
69 | Petelski A. A., Emmott E., Leduc A., Huffman R. G., Specht H., Perlman D. H., Slavov N., Nat. Protoc., 2021, 16(12), 5398—5425 |
70 | Amstalden van Hove E. R., Smith D. F., Heeren R. M., J. Chromatogr. A, 2010, 1217(25), 3946—3954 |
71 | Vaysse P. M., Heeren R. M. A., Porta T., Balluff B., Analyst, 2017, 142(15), 2690—2712 |
[1] | HUANG Yuying, YU Chengkun, LIU Siqi, REN Yan. Cell Map of Mouse Peripheral Blood Mononuclear Cells with a Label-free Single-cell Proteomics Method [J]. Chem. J. Chinese Universities, 2024, 45(11): 20240355. |
[2] | HUO Zhiyuan, ZHOU Jinping, MA Xiumin, ZHOU Yan, HUANG Lin. Advances in Single-cell Multi-omics Analysis Based on Mass Spectrometry [J]. Chem. J. Chinese Universities, 2024, 45(11): 20240389. |
Viewed | ||||||
Full text |
|
|||||
Abstract |
|
|||||