Applications of Nanopore Sequencing Technology in the Detection of Nucleic Acid Modifications

doi:10.7503/cjcu20220333

Abstract

Abstract:

A wide variety of chemical modifications have been found in DNA and RNA. These nucleic acid modifications play critical roles in the regulation of gene expression， affect biological processes such as growth and development， and cause diseases including cancer. Accurate identification and localization of nucleic acid modifications can help to understand their functional mechanism， and contributes to diagnosis and treatment of relevant diseases. Nanopore sequencing is an emerging single-molecule sequencing technology and can directly detect nucleic acid modifications. It can simultaneously detect multiple modifications based on the difference in pore blockage signals between modified and canonical bases. This review briefly summarizes the principle and recent development of nanopore sequencing， computer algorithms for nucleic acid modification identification and applications of nanopore sequencing. By the end of this review， prospects of future development of nanopore sequencing is also proposed.

Key words: Nanopore sequencing, MinION sequencer, Nucleic acid modification, Base-calling

CLC Number:

O657

TrendMD:

CHEN Jialu, HUANG Shuo. Applications of Nanopore Sequencing Technology in the Detection of Nucleic Acid Modifications[J]. Chem. J. Chinese Universities, 2023, 44(3): 20220333.

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