基于质谱的单细胞蛋白质组学分析

doi:10.7503/cjcu20240294

摘要/Abstract

摘要：

单细胞蛋白质组学分析能揭示细胞个体之间蛋白质的精细差异，在诸多重要领域具有重要的应用价值，已成为目前的研究热点；其难点在于单细胞内的蛋白质极其微量，需要解决样品处理过程中的损失问题、色谱质谱检测的灵敏度问题和低信号强度质谱数据的解析利用问题. 本文从单细胞分选、样品处理、色谱质谱采集和数据分析等方面，综合评述了目前基于质谱的单细胞蛋白质组学分析方法的研究进展及其在生物医学领域的应用，并展望了其未来的发展前景.

关键词: 质谱, 蛋白质组学, 单细胞, 微流控, 数据非依赖性采集

Abstract:

Single-cell proteomics allows revealing precisely the differences of proteins between individual cells， which has become a research hotspot showing indispensable application value in many important fields. Its difficulties lie in the fact that the proteins in a single cell are of extremely low abundance， which calls for ingenious solutions to the problems of sample loss during preparation， low sensitivity of chromatography-mass spectrometry detection， and insufficient analysis of spectral data with low signal intensities. This review summarizes the current research progress of mass spectrometry-based single-cell proteomic analysis， including single-cell sorting， sample preparation， chromatography-mass spectrometry acquisition， and data analysis， as well as its applications in biomedical fields. Its potential future development is also discussed.

Key words: Mass spectrometry, Proteomics, Single-cell, Microfluidics, Data-independent acquisition

中图分类号:

O657

TrendMD:

范智瑞, 方群, 杨奕. 基于质谱的单细胞蛋白质组学分析. 高等学校化学学报, 2024, 45(11): 20240294.

FAN Zhirui, FANG Qun, YANG Yi. Single Cell Proteomic Analysis by Mass Spectrometry. Chem. J. Chinese Universities, 2024, 45(11): 20240294.

图/表 5

Fig.1 Single cell sorting methods（A） Automatic micromanipulation by machine vision［8］；（B） fluorescence-activated cell sorting（FACS）［12］；（C） integrated proteomics chip（iProChip）［16］；（D） active matrix digital microfluidic chip（AMD-MF）［18］；（E） deep visual proteomics by artificial intelligence-guided cell classification and laser microdissection［21］. （A） Copyright 2021， Elsevier；（B） Copyright 2015， MDPI；（C） Copyright 2021， Springer Nature；（D） Copyright 2024， American Chemical Society；（E） Copyright 2022， Springer Nature.

Fig.2 Single cell proteome sample preparation methods（A） Integrated proteome analysis device（iPAD-1）［25］；（B） integrated proteomics chip （iProChip）［16］；（C） oil-air-droplet chip［30］；（D） nanodroplet processing in one pot for trace samples（nanoPOTS）［31］ and nested nanoPOTS（N2） chips［33］；（E） nano-proteomic sample preparation（nPOP）［35］；（F） true single-cell proteome（T-SCP） platform［37］；（G） pick-up single-cell proteomic analysis（PiSPA） platform［9］. （A） Copyright 2018， American Chemical Society；（B） Copyright 2021， Springer Nature；（C） Copyright 2018， American Chemical Society；（D） Copyright 2018， Springer Nature； Copyright 2021， the authors；（E） Copyright 2022， Springer Nature；（F） Copyright 2022， EMBO；（G） Copyright 2024， Springer Nature.

Fig.3 Mass spectrometry data acquisition methods（A） Data-dependent acquisition（DDA） and data-independent acquisition（DIA）［52］；（B） variant DIA schemes［55］；（C） DIA with parallel accumulation-serial fragmentation（diaPASEF）［37］；（D） various window arrangements for diaPASEF［55］；（E） scanning quadrupole DIA［55］；（F） Synchro-PASEF， where quadrupole scanning is synchronized with ion release in the mobility dimension［70］. （A） Copyright 2018， EMBO；（B， D， E） Copyright 2024， Elsevier；（C） Copyright 2022， EMBO；（F） Copyright 2023， Elsevier.

Fig.4 Isobaric labeling for reporter ion⁃based quantification（A） Representative labeling regents［72］；（B） multiplexed single-cell proteomics using SCoPE2［77］. （A） Copyright 2021， Wiley；（B） Copyright 2021， Springer Nature.

Fig.5 Mass spectrometry data analysis methods for proteomics（A） Spectral features of single-cell proteome samples［88］；（B） match-between-runs by IceR for reducing missing values［93］；（C） library-based DIA analysis by targeted data extraction［52］；（D） integrated DIA analysis workflow by FragPipe and DIA-NN［112］. （A） Copyright 2022， American Chemical Society；（B） Copyright 2021， Springer Nature；（C） Copyright 2018， EMBO；（D） Copyright 2023， Springer Nature.

参考文献 126

1	Wu Q.， Sui X. T.， Tian R. J.， Chin. J. Chromatogr.， 2021， 39（2）， 112—117
	吴琼，隋欣桐，田瑞军. 色谱， 2021， 39（2）， 112—117
2	Regev A.， Teichmann S. A.， Lander E. S.， Amit I.， Benoist C.， Birney E.， Bodenmiller B.， Campbell P.， Carninci P.， Clatworthy M.， Clevers H.， Deplancke B.， Dunham I.， Eberwine J.， Eils R.， Enard W.， Farmer A.， Fugger L.， Göttgens B.， Hacohen N.， Haniffa M.， Hemberg M.， Kim S.， Klenerman P.， Kriegstein A.， Lein E.， Linnarsson S.， Lundberg E.， Lundeberg J.， Majumder P.， Marioni J. C.， Merad M.， Mhlanga M.， Nawijn M.， Netea M.， Nolan G.， Pe'er D.， Phillipakis A.， Ponting C. P.， Quake S.， Reik W.， Rozenblatt⁃Rosen O.， Sanes J.， Satija R.， Schumacher T. N.， Shalek A.， Shapiro E.， Sharma P.， Shin J. W.， Stegle O.， Stratton M.， Stubbington M. J. T.， Theis F. J.， Uhlen M.， van Oudenaarden A.， Wagner A.， Watt F.， Weissman J.， Wold B.， Xavier R.， Yosef N.， eLife， 2017， 6， e27041
3	Ahmad R.， Budnik B.， Anal. Bioanal. Chem.， 2023， 415（28）， 6889—6899
4	Liu Y.， Beyer A.， Aebersold R.， Cell， 2016， 165（3）， 535—550
5	Labib M.， Kelley S. O.， Nat. Rev. Chem.， 2020， 4（3）， 143—158
6	Zhu Y.， Scheibinger M.， Ellwanger D. C.， Krey J. F.， Choi D.， Kelly R. T.， Heller S.， Barr⁃Gillespie P. G.， eLife， 2019， 8， e50777
7	Nelep C.， Eberhardt J.， Cytom. A， 2018， 93（12）， 1267—1270
8	Wang Y.， Wang D. F.， Wang H. F.， Wang J. W.， Pan J. Z.， Guo X. G.， Fang Q.， Talanta， 2021， 226， 122136
9	Wang Y.， Guan Z. Y.， Shi S. W.， Jiang Y. R.， Zhang J.， Yang Y.， Wu Q.， Wu J.， Chen J. B.， Ying W. X.， Xu Q. Q.， Fan Q. X.， Wang H. F.， Zhou L.， Wang L.， Fang J.， Pan J. Z.， Fang Q.， Nat. Commun.， 2024， 15（1）， 1279
10	Nagamoto⁃Combs K.， Animal Models of Allergic Disease： Methods and Protocols， Springer US， New York， 2021， 169—182
11	Adan A.， Alizada G.， Kiraz Y.， Baran Y.， Nalbant A.， Crit. Rev. Biotechnol.， 2017， 37（2）， 163—176
12	Gross A.， Schoendube J.， Zimmermann S.， Steeb M.， Zengerle R.， Koltay P.， Int. J. Mol. Sci.， 2015， 16（8）， 16897—16919.
13	Vallone V. F.， Telugu N. S.， Fischer I.， Miller D.， Schommer S.， Diecke S.， Stachelscheid H.， Curr. Protoc. Stem Cell Biology， 2020， 55（1）， e123
14	Song Y.， Lin J. M.， Sci. Sin. Chim.， 2023， 53（8）， 1472—1493
	宋扬，林金明. 中国科学：化学， 2023， 53（8）， 1472—1493
15	Pan T.， Wu Y. Y.， Guo G. S.， Wang X. Y.， Chin. J. Anal. Chem.， 2023， 51（6）， 934—944
	潘婷，武园园，郭广生，汪夏燕. 分析化学， 2023， 51（6）， 934—944
16	Gebreyesus S. T.， Siyal A. A.， Kitata R. B.， Chen E. S. W.， Enkhbayar B.， Angata T.， Lin K. I.， Chen Y. J.， Tu H. L.， Nat. Commun.， 2022， 13（1）， 37
17	Hu S.， Ye J.， Shi S.， Yang C.， Jin K.， Hu C.， Wang D.， Ma H.， Anal. Chem.， 2023， 95（17）， 6905—6914
18	Yang Z.， Jin K.， Chen Y.， Liu Q.， Chen H.， Hu S.， Wang Y.， Pan Z.， Feng F.， Shi M.， Xie H.， Ma H.， Zhou H.， JACS Au， 2024， 4（5）， 1811—1823
19	Guo W.， Hu Y.， Qian J.， Zhu L.， Cheng J.， Liao J.， Fan X.， J. Genet. Genom.， 2023， 50（9）， 641—651
20	Espina V.， Heiby M.， Pierobon M.， Liotta L. A.， Expert. Rev. Mol. Diagn.， 2007， 7（5）， 647—657
21	Mund A.， Coscia F.， Kriston A.， Hollandi R.， Kovács F.， Brunner A. D.， Migh E.， Schweizer L.， Santos A.， Bzorek M.， Naimy S.， Rahbek⁃Gjerdrum L. M.， Dyring⁃Andersen B.， Bulkescher J.， Lukas C.， Eckert M. A.， Lengyel E.， Gnann C.， Lundberg E.， Horvath P.， Mann M.， Nat. Biotechnol.， 2022， 40（8）， 1231—1240
22	Rosenberger F. A.， Thielert M.， Strauss M. T.， Schweizer L.， Ammar C.， Mädler S. C.， Metousis A.， Skowronek P.， Wahle M.， Madden K.， Gote⁃Schniering J.， Semenova A.， Schiller H. B.， Rodriguez E.， Nordmann T. M.， Mund A.， Mann M.， Nat. Methods， 2023， 20（10）， 1530—1536
23	Liu J.， Liu Z.， Chin. J. Chromatogr.， 2016， 34（1）， 1154—1160
	刘佳，刘震. 色谱， 2016， 34（1）， 1154—1160
24	Chen Q.， Yan G.， Gao M.， Zhang X.， Anal. Chem.， 2015， 87（13）， 6674—6680
25	Shao X.， Wang X.， Guan S.， Lin H.， Yan G.， Gao M.， Deng C.， Zhang X.， Anal. Chem.， 2018， 90（23）， 14003—14010
26	He Y.， Yuan H.， Liang Y.， Liu X.， Zhang X.， Ji Y.， Zhao B.， Yang K.， Zhang J.， Zhang S.， Zhang Y.， Zhang L.， Chem. Sci.， 2023， 14（46）， 13495—13502
27	Johnson K. R.， Gao Y.， Greguš M.， Ivanov A. R.， Anal. Chem.， 2022， 94（41）， 14358—14367
28	Marie A. L.， Gao Y.， Ivanov A. R.， Nat. Commun.， 2024， 15（1）， 3847
29	Zhu Y.， Zhang Y. X.， Cai L. F.， Fang Q.， Anal. Chem.， 2013， 85（14）， 6723—6731
30	Li Z. Y.， Huang M.， Wang X. K.， Zhu Y.， Li J. S.， Wong C. C. L.， Fang Q.， Anal. Chem.， 2018， 90（8）， 5430—5438
31	Zhu Y.， Piehowski P. D.， Zhao R.， Chen J.， Shen Y.， Moore R. J.， Shukla A. K.， Petyuk V. A.， Campbell⁃Thompson M.， Mathews C. E.， Smith R. D.， Qian W. J.， Kelly R. T.， Nat. Commun.， 2018， 9（1）， 882
32	Liang Y.， Acor H.， McCown M. A.， Nwosu A. J.， Boekweg H.， Axtell N. B.， Truong T.， Cong Y.， Payne S. H.， Kelly R. T.， Anal. Chem.， 2021， 93（3）， 1658—1666
33	Woo J.， Williams S. M.， Markillie L. M.， Feng S.， Tsai C. F.， Aguilera⁃Vazquez V.， Sontag R. L.， Moore R. J.， Hu D.， Mehta H. S.， Cantlon⁃Bruce J.， Liu T.， Adkins J. N.， Smith R. D.， Clair G. C.， Pasa⁃Tolic L.， Zhu Y.， Nat. Commun.， 2021， 12（1）， 6246
34	Specht H.， Harmange G.， Perlman D. H.， Emmott E.， Niziolek Z.， Budnik B.， Slavov N.， bioRxiv， 2018， 399774［2018⁃08⁃25］. https： //doi.org/10.1101/399774
35	Leduc A.， Huffman R. G.， Cantlon J.， Khan S.， Slavov N.， Genome Biol.， 2022， 23（1）， 261
36	Li Y.， Li H.， Xie Y.， Chen S.， Qin R.， Dong H.， Yu Y.， Wang J.， Qian X.， Qin W.， Anal. Chem.， 2021， 93（42）， 14059—14067
37	Brunner A. D.， Thielert M.， Vasilopoulou C.， Ammar C.， Coscia F.， Mund A.， Hoerning O. B.， Bache N.， Apalategui A.， Lubeck M.， Richter S.， Fischer D. S.， Raether O.， Park M. A.， Meier F.， Theis F. J.， Mann M.， Mol. Syst. Biology， 2022， 18（3）， e10798
38	Krieger J. R.， Wybenga⁃Groot L. E.， Tong J.， Bache N.， Tsao M. S.， Moran M. F.， J. Proteome Res.， 2019， 18（5）， 2346—2353
39	Hartlmayr D.， Ctortecka C.， Seth A.， Mendjan S.， Tourniaire G.， Mechtler K.， bioRxiv， 2021， 2021.04.14.439828. https： //doi. org/10.1101/2021.04.14.439828
40	Ye Z.， Sabatier P.， van der Hoeven L.， Phlairaharn T.， Hartlmayr D.， Izaguirre F.， Seth A.， Joshi H. J.， Bekker⁃Jensen D. B.， Bache N.， Olsen J. V.， bioRxiv， 2023， 2023.11.27.568953［2023⁃11⁃28］. https： //doi.org/10.1101/2023.11.27.568953
41	Ye Z.， Sabatier P.， Martin⁃Gonzalez J.， Eguchi A.， Lechner M.， Østergaard O.， Xie J.， Guo Y.， Schultz L.， Truffer R.， Bekker⁃Jensen D. B.， Bache N.， Olsen J. V.， Nat. Commun.， 2024， 15（1）， 2474
42	Wilson S. R.， Olsen C.， Lundanes E.， Analyst， 2019， 144（24）， 7090—7104
43	Cong Y.， Liang Y.， Motamedchaboki K.， Huguet R.， Truong T.， Zhao R.， Shen Y.， Lopez⁃Ferrer D.， Zhu Y.， Kelly R. T.， Anal. Chem.， 2020， 92（3）， 2665—2671
44	Cong Y.， Motamedchaboki K.， Misal S. A.， Liang Y.， Guise A. J.， Truong T.， Huguet R.， Plowey E. D.， Zhu Y.， Lopez⁃Ferrer D.， Kelly R. T.， Chem. Sci.， 2021， 12（3）， 1001—1006
45	Liang Y.， Wang C.， Liang Z.， Zhang L.， Zhang Y.， Anal. Chem.， 2022， 94（16）， 6084—6088
46	Xiang P.， Zhu Y.， Yang Y.， Zhao Z.， Williams S. M.， Moore R. J.， Kelly R. T.， Smith R. D.， Liu S.， Anal. Chem.， 2020， 92（7）， 4711—4715
47	Stejskal K.， Op de Beeck J.， Dürnberger G.， Jacobs P.， Mechtler K.， Anal. Chem.， 2021， 93（25）， 8704—8710
48	Petrosius V.， Aragon⁃Fernandez P.， Üresin N.， Kovacs G.， Phlairaharn T.， Furtwängler B.， Op De Beeck J.， Skovbakke S. L.， Goletz S.， Thomsen S. F.， Keller U. A. D.， Natarajan K. N.， Porse B. T.， Schoof E. M.， Nat. Commun.， 2023， 14（1）， 5910
49	Matzinger M.， Schmücker A.， Yelagandula R.， Stejskal K.， Krššáková G.， Berger F.， Mechtler K.， Mayer R. L.， Nat. Commun.， 2024， 15（1）， 1019
50	Qin S. J.， Bai Y.， Liu H. W.， Chin. J. Chromatogr.， 2021， 39（2）， 142—151
	秦少杰，白玉，刘虎威. 色谱， 2021， 39（2）， 142—151
51	Tabb D. L.， Vega⁃Montoto L.， Rudnick P. A.， Variyath A. M.， Ham A. J. L.， Bunk D. M.， Kilpatrick L. E.， Billheimer D. D.， Blackman R. K.， Cardasis H. L.， Carr S. A.， Clauser K. R.， Jaffe J. D.， Kowalski K. A.， Neubert T. A.， Regnier F. E.， Schilling B.， Tegeler T. J.， Wang M.， Wang P.， Whiteaker J. R.， Zimmerman L. J.， Fisher S. J.， Gibson B. W.， Kinsinger C. R.， Mesri M.， Rodriguez H.， Stein S. E.， Tempst P.， Paulovich A. G.， Liebler D. C.， Spiegelman C.， J. Proteome Res.， 2010， 9（2）， 761—776
52	Ludwig C.， Gillet L.， Rosenberger G.， Amon S.， Collins B. C.， Aebersold R.， Mol. Syst. Biology， 2018， 14（8）， e8126
53	Zhang F.， Ge W.， Ruan G.， Cai X.， Guo T.， Proteomics， 2020， 20（17/18）， 1900276
54	Hou X. H.， Zhou P. Y.， Gong P. Y.， Fu J. L.， Liu C.， Wang H. P.， Prog. Biochem. Biophys.， 2022， 49（12）， 2364—2386
	侯鑫行，周丕宇，宫鹏云，付嘉乐，刘超，王海鹏. 生物化学与生物物理进展， 2022， 49（12）， 2364—2386
55	Lou R.， Shui W.， Mol. Cell. Proteomics， 2024， 23（2）， 100712
56	Searle B. C.， Swearingen K. E.， Barnes C. A.， Schmidt T.， Gessulat S.， Küster B.， Wilhelm M.， Nat. Commun.， 2020， 11（1）， 1548
57	Phlairaharn T.， Ye Z.， Krismer E.， Pedersen A. K.， Pietzner M.， Olsen J. V.， Schoof E. M.， Searle B. C.， Anal. Chem.， 2023， 95（26）， 9881—9891
58	Matzinger M.， Müller E.， Dürnberger G.， Pichler P.， Mechtler K.， Anal. Chem.， 2023， 95（9）， 4435—4445
59	Guzman U. H.， Martinez⁃Val A.， Ye Z.， Damoc E.， Arrey T. N.， Pashkova A.， Renuse S.， Denisov E.， Petzoldt J.， Peterson A. C.， Harking F.， Østergaard O.， Rydbirk R.， Aznar S.， Stewart H.， Xuan Y.， Hermanson D.， Horning S.， Hock C.， Makarov A.， Zabrouskov V.， Olsen J. V.， Nat. Biotechnol.， 2024［2024⁃02⁃01］. https： //doi.org/10.1038/s41587⁃023⁃02099⁃7
60	Bubis J. A.， Arrey T. N.， Damoc E.， Delanghe B.， Slovakova J.， Sommer T. M.， Kagawa H.， Pichler P.， Rivron N.， Mechtler K.， Matzinger M.， bioRxiv， 2024， 2024.02.01.578358［2024⁃02⁃27］. https： //doi.org/10.1101/2024.02.01.578358
61	Bekker⁃Jensen D. B.， Martínez⁃Val A.， Steigerwald S.， Rüther P.， Fort K. L.， Arrey T. N.， Harder A.， Makarov A.， Olsen J. V.， Mol. Cell. Proteomics， 2020， 19（4）， 716—729
62	Reilly L.， Lara E.， Ramos D.， Li Z.， Pantazis C. B.， Stadler J.， Santiana M.， Roberts J.， Faghri F.， Hao Y.， Nalls M. A.， Narayan P.， Liu Y.， Singleton A. B.， Cookson M. R.， Ward M. E.， Qi Y. A.， Cell Rep. Methods， 2023， 3（10）， 100593
63	Ridgeway M. E.， Lubeck M.， Jordens J.， Mann M.， Park M. A.， Int. J. Mass Spectrom.， 2018， 425， 22—35
64	Vasilopoulou C. G.， Sulek K.， Brunner A. D.， Meitei N. S.， Schweiger⁃Hufnagel U.， Meyer S. W.， Barsch A.， Mann M.， Meier F.， Nat. Commun.， 2020， 11（1）， 331
65	Meier F.， Brunner A. D.， Frank M.， Ha A.， Bludau I.， Voytik E.， Kaspar⁃Schoenefeld S.， Lubeck M.， Raether O.， Bache N.， Aebersold R.， Collins B. C.， Röst H. L.， Mann M.， Nat. Methods， 2020， 17（12）， 1229—1236
66	Skowronek P.， Thielert M.， Voytik E.， Tanzer M. C.， Hansen F. M.， Willems S.， Karayel O.， Brunner A. D.， Meier F.， Mann M.， Mol. Cell. Proteomics， 2022， 21（9）， 100279
67	Szyrwiel L.， Sinn L.， Ralser M.， Demichev V.， bioRxiv， 2022， 2022.10.31.514544［2022⁃10⁃31］. https： //doi.org/10.1101/2022.10. 31.514544
68	Moseley M. A.， Hughes C. J.， Juvvadi P. R.， Soderblom E. J.， Lennon S.， Perkins S. R.， Thompson J. W.， Steinbach W. J.， Geromanos S. J.， Wildgoose J.， Langridge J. I.， Richardson K.， Vissers J. P. C.， J. Proteome Res.， 2018， 17（2）， 770—779
69	Messner C. B.， Demichev V.， Bloomfield N.， Yu J. S. L.， White M.， Kreidl M.， Egger A. S.， Freiwald A.， Ivosev G.， Wasim F.， Zelezniak A.， Jürgens L.， Suttorp N.， Sander L. E.， Kurth F.， Lilley K. S.， Mülleder M.， Tate S.， Ralser M.， Nat. Biotechnol.， 2021， 39（7）， 846—854
70	Skowronek P.， Krohs F.， Lubeck M.， Wallmann G.， Itang E. C. M.， Koval P.， Wahle M.， Thielert M.， Meier F.， Willems S.， Raether O.， Mann M.， Mol. Cell. Proteomics， 2023， 22（2）， 100489
71	Distler U.， Łącki M. K.， Startek M. P.， Teschner D.， Brehmer S.， Decker J.， Schild T.， Krieger J.， Krohs F.， Raether O.， Hildebrandt A.， Tenzer S.， bioRxiv， 2023， 2023.01.30.526204［2023⁃02⁃02］. https： //doi.org/10.1101/2023.01.30.526204
72	Tian X.， Permentier H. P.， Bischoff R.， Mass Spectrom. Rev.， 2023， 42（2）， 546—576
73	Li J.， Van Vranken J. G.， Pontano Vaites L.， Schweppe D. K.， Huttlin E. L.， Etienne C.， Nandhikonda P.， Viner R.， Robitaille A. M.， Thompson A. H.， Kuhn K.， Pike I.， Bomgarden R. D.， Rogers J. C.， Gygi S. P.， Paulo J. A.， Nat. Methods， 2020， 17（4）， 399—404
74	Ning X.， Li Q.， Zi J.， Mei Z.， Liu J.， Zhang Y.， Bi M.， Ren Y.， Liu X.， Lv C.， Yao H.， Sun J.， Rao F.， Li S.， Liu S.， Anal. Chem.， 2023， 95（13）， 5788—5795
75	Budnik B.， Levy E.， Harmange G.， Slavov N.， Genome Biol.， 2018， 19（1）， 161
76	Petelski A. A.， Emmott E.， Leduc A.， Huffman R. G.， Specht H.， Perlman D. H.， Slavov N.， Nat. Protoc.， 2021， 16（12）， 5398—5425
77	Specht H.， Emmott E.， Petelski A. A.， Huffman R. G.， Perlman D. H.， Serra M.， Kharchenko P.， Koller A.， Slavov N.， Genome Biol.， 2021， 22（1）， 50
78	Derks J.， Leduc A.， Wallmann G.， Huffman R. G.， Willetts M.， Khan S.， Specht H.， Ralser M.， Demichev V.， Slavov N.， Nat. Biotechnol.， 2023， 41（1）， 50—59
79	Kang U. B.， Yeom J.， Kim H.， Lee C.， J. Proteome Res.， 2010， 9（7）， 3750—3758
80	Thielert M.， Itang E. C. M.， Ammar C.， Rosenberger F. A.， Bludau I.， Schweizer L.， Nordmann T. M.， Skowronek P.， Wahle M.， Zeng W. F.， Zhou X. X.， Brunner A. D.， Richter S.， Levesque M. P.， Theis F. J.， Steger M.， Mann M.， Mol. Syst. Biology， 2023， 19（9）， e11503
81	Nesvizhskii A. I.， J. Proteomics， 2010， 73（11）， 2092—2123
82	Mallick P.， Kuster B.， Nat. Biotechnol.， 2010， 28（7）， 695—709
83	Noor Z.， Ahn S. B.， Baker M. S.， Ranganathan S.， Mohamedali A.， Brief. Bioinform.， 2021， 22（2）， 1620—1638
84	Tyanova S.， Temu T.， Cox J.， Nat. Protoc.， 2016， 11（12）， 2301—2319
85	Kong A. T.， Leprevost F. V.， Avtonomov D. M.， Mellacheruvu D.， Nesvizhskii A. I.， Nat. Methods， 2017， 14（5）， 513—520
86	da Veiga Leprevost F.， Haynes S. E.， Avtonomov D. M.， Chang H. Y.， Shanmugam A. K.， Mellacheruvu D.， Kong A. T.， Nesvizhskii A. I.， Nat. Methods， 2020， 17（9）， 869—870
87	Chi H.， Liu C.， Yang H.， Zeng W. F.， Wu L.， Zhou W. J.， Wang R. M.， Niu X. N.， Ding Y. H.， Zhang Y.， Wang Z. W.， Chen Z. L.， Sun R. X.， Liu T.， Tan G. M.， Dong M. Q.， Xu P.， Zhang P. H.， He S. M.， Nat. Biotechnol.， 2018， 36（11）， 1059—1061
88	Boekweg H.， Van Der Watt D.， Truong T.， Johnston S. M.， Guise A. J.， Plowey E. D.， Kelly R. T.， Payne S. H.， J. Proteome Res.， 2022， 21（1）， 182—188
89	Huffman R. G.， Chen A.， Specht H.， Slavov N.， J. Proteome Res.， 2019， 18（6）， 2493—2500
90	Chen A. T.， Franks A.， Slavov N.， Plos Comput. Biol.， 2019， 15（7）， e1007082
91	Wang B.， Wang Y.， Chen Y.， Gao M.， Ren J.， Guo Y.， Situ C.， Qi Y.， Zhu H.， Li Y.， Guo X.， Brief. Bioinform.， 2022， 23（4）， bbac214
92	Yu F.， Haynes S. E.， Nesvizhskii A. I.， Mol. Cell. Proteomics， 2021， 20， 100077
93	Kalxdorf M.， Müller T.， Stegle O.， Krijgsveld J.， Nat. Commun.， 2021， 12（1）， 4787
94	Tsou C. C.， Avtonomov D.， Larsen B.， Tucholska M.， Choi H.， Gingras A. C.， Nesvizhskii A. I.， Nat. Methods， 2015， 12（3）， 258—264
95	Röst H. L.， Rosenberger G.， Navarro P.， Gillet L.， Miladinović S. M.， Schubert O. T.， Wolski W.， Collins B. C.， Malmström J.， Malmström L.， Aebersold R.， Nat. Biotechnol.， 2014， 32（3）， 219—223
96	Zhou X. X.， Zeng W. F.， Chi H.， Luo C.， Liu C.， Zhan J.， He S. M.， Zhang Z.， Anal. Chem.， 2017， 89（23）， 12690—12697
97	Cox J.， Nat. Biotechnol.， 2023， 41（1）， 33—43
98	Gessulat S.， Schmidt T.， Zolg D. P.， Samaras P.， Schnatbaum K.， Zerweck J.， Knaute T.， Rechenberger J.， Delanghe B.， Huhmer A.， Reimer U.， Ehrlich H. C.， Aiche S.， Kuster B.， Wilhelm M.， Nat. Methods， 2019， 16（6）， 509—518
99	Tiwary S.， Levy R.， Gutenbrunner P.， Salinas Soto F.， Palaniappan K. K.， Deming L.， Berndl M.， Brant A.， Cimermancic P.， Cox J.， Nat. Methods， 2019， 16（6）， 519—525
100	Yang Y.， Liu X.， Shen C.， Lin Y.， Yang P.， Qiao L.， Nat. Commun.， 2020， 11（1）， 146
101	Lou R.， Liu W.， Li R.， Li S.， He X.， Shui W.， Nat. Commun.， 2021， 12（1）， 6685
102	Lou R.， Tang P.， Ding K.， Li S.， Tian C.， Li Y.， Zhao S.， Zhang Y.， Shui W.， iScience， 2020， 23（3）， 100903
103	Hao Y.， Chen M.， Huang X.， Xu H.， Wu P.， Chen S.， Anal. Chem.， 2023， 95（37）， 14077—14085
104	Chen M.， Zhu P.， Wan Q.， Ruan X.， Wu P.， Hao Y.， Zhang Z.， Sun J.， Nie W.， Chen S.， Anal. Chem.， 2023， 95（19）， 7495—7502
105	Zeng W. F.， Zhou X. X.， Willems S.， Ammar C.， Wahle M.， Bludau I.， Voytik E.， Strauss M. T.， Mann M.， Nat. Commun.， 2022， 13（1）， 7238
106	Yang Y.， Lin L.， Qiao L.， Expert. Rev. Proteomics， 2021， 18（12）， 1031—1043
107	Rosenberger G.， Bludau I.， Schmitt U.， Heusel M.， Hunter C. L.， Liu Y.， MacCoss M. J.， MacLean B. X.， Nesvizhskii A. I.， Pedrioli P. G. A.， Reiter L.， Röst H. L.， Tate S.， Ting Y. S.， Collins B. C.， Aebersold R.， Nat. Methods， 2017， 14（9）， 921—927
108	Siyal A. A.， Chen E. S. W.， Chan H. J.， Kitata R. B.， Yang J. C.， Tu H. L.， Chen Y. J.， Anal. Chem.， 2021， 93（51）， 17003—17011
109	Searle B. C.， Pino L. K.， Egertson J. D.， Ting Y. S.， Lawrence R. T.， MacLean B. X.， Villén J.， MacCoss M. J.， Nat. Commun.， 2018， 9（1）， 5128
110	Demichev V.， Messner C. B.， Vernardis S. I.， Lilley K. S.， Ralser M.， Nat. Methods， 2020， 17（1）， 41—44
111	Demichev V.， Szyrwiel L.， Yu F.， Teo G. C.， Rosenberger G.， Niewienda A.， Ludwig D.， Decker J.， Kaspar⁃Schoenefeld S.， Lilley K. S.， Mülleder M.， Nesvizhskii A. I.， Ralser M.， Nat. Commun.， 2022， 13（1）， 3944
112	Yu F.， Teo G. C.， Kong A. T.， Fröhlich K.， Li G. X.， Demichev V.， Nesvizhskii A. I.， Nat. Commun.， 2023， 14（1）， 4154
113	Bruderer R.， Bernhardt O. M.， Gandhi T.， Miladinović S. M.， Cheng L. Y.， Messner S.， Ehrenberger T.， Zanotelli V.， Butscheid Y.， Escher C.， Vitek O.， Rinner O.， Reiter L.， Mol. Cell. Proteomics， 2015， 14（5）， 1400—1410
114	Bekker⁃Jensen D. B.， Bernhardt O. M.， Hogrebe A.， Martinez⁃Val A.， Verbeke L.， Gandhi T.， Kelstrup C. D.， Reiter L.， Olsen J. V.， Nat. Commun.， 2020， 11（1）， 787
115	Muntel J.， Gandhi T.， Verbeke L.， Bernhardt O. M.， Treiber T.， Bruderer R.， Reiter L.， Mol. Omics， 2019， 15（5）， 348—360
116	Tsai C. F.， Zhao R.， Williams S. M.， Moore R. J.， Schultz K.， Chrisler W. B.， Pasa⁃Tolic L.， Rodland K. D.， Smith R. D.， Shi T.， Zhu Y.， Liu T.， Mol. Cell. Proteomics， 2020， 19（5）， 828—838
117	Schoof E. M.， Furtwängler B.， Üresin N.， Rapin N.， Savickas S.， Gentil C.， Lechman E.， Keller U. a. d.， Dick J. E.， Porse B. T.， Nat. Commun.， 2021， 12（1）， 3341
118	Orsburn B. C.， Yuan Y.， Bumpus N. N.， Nat. Commun.， 2022， 13（1）， 7246
119	Petrosius V.， Aragon⁃Fernandez P.， Arrey T. N.， Üresin N.， Furtwängler B.， Stewart H.， Denisov E.， Petzoldt J.， Peterson A. C.， Hock C.， Damoc E.， Makarov A.， Zabrouskov V.， Porse B. T.， Schoof E. M.， bioRxiv， 2023， 2023.06.06.543943［2023⁃06⁃08］. https： //doi.org/10.1101/2023.06.06.543943
120	Jiang Y. R.， Zhu L.， Cao L. R.， Wu Q.， Chen J. B.， Wang Y.， Wu J.， Zhang T. Y.， Wang Z. L.， Guan Z. Y.， Xu Q. Q.， Fan Q. X.， Shi S. W.， Wang H. F.， Pan J. Z.， Fu X. D.， Wang Y.， Fang Q.， Cell Rep.， 2023， 42（11）， 113455
121	Wu J.， Xu Q. Q.， Jiang Y. R.， Chen J. B.， Ying W. X.， Fan Q. X.， Wang H. F.， Wang Y.， Shi S. W.， Pan J. Z.， Fang Q.， Anal. Chem.， 2024， 96（14）， 5499—5508
122	Gatto L.， Aebersold R.， Cox J.， Demichev V.， Derks J.， Emmott E.， Franks A. M.， Ivanov A. R.， Kelly R. T.， Khoury L.， Leduc A.， MacCoss M. J.， Nemes P.， Perlman D. H.， Petelski A. A.， Rose C. M.， Schoof E. M.， Van Eyk J.， Vanderaa C.， Yates J. R.， Slavov N.， Nat. Methods， 2023， 20（3）， 375—386
123	Caufield J. H.， Fu J.， Wang D.， Guevara⁃Gonzalez V.， Wang W.， Ping P.， J. Proteome Res.， 2021， 20（5）， 2182—2186
124	Wang F.， Liu C.， Li J.， Yang F.， Song J.， Zang T.， Yao J.， Wang G.， Nucleic Acids Res.， 2024， 52（D1）， D562⁃D571
125	Li W.， Yang F.， Wang F.， Rong Y.， Liu L.， Wu B.， Zhang H.， Yao J.， Nat. Methods， 2024， 21（4）， 623—634
126	Wang F.， Yang F.， Huang L.， Li W.， Song J.， Gasser R. B.， Aebersold R.， Wang G.， Yao J.， Nat. Mach. Intell.， 2023， 5（11）， 1236—1249

[1]	侯泽金, 李荣其, 李健, 冯怡宁, 靳茜茜, 孙俊红, 曹洁. 基于GC-MS和机器学习的深静脉血栓形成预测[J]. 高等学校化学学报, 2024, 45(9): 20240199.
[2]	刘康, 潘荣容, 江德臣. 基于纳米电极的单细胞内生物分子电化学分析[J]. 高等学校化学学报, 2024, 45(5): 20240027.
[3]	陈晓萍, 王旭潭, 刘宁, 汪庆祥, 倪建聪, 杨伟强, 林振宇. MOFs基微流控电化学芯片对多种重金属离子的实时在线检测[J]. 高等学校化学学报, 2024, 45(2): 20230395.
[4]	董沛滢, 刘彤, 秦伟捷. RNA-蛋白质复合物规模化富集与鉴定新方法[J]. 高等学校化学学报, 2024, 45(11): 20240091.
[5]	石倩, 刘冬梅, 方小泥, 刘宝红. 基于基质辅助激光解析质谱的高通量酪氨酸酶活性及抑制剂分析[J]. 高等学校化学学报, 2024, 45(11): 20240330.
[6]	蒋龑, 陈妍琳, 宋高瑜, 陈炎炎, 白晶, 朱莹娣, 李娟. 细菌的蛋白质组成分析[J]. 高等学校化学学报, 2024, 45(11): 20240345.
[7]	闫勇杰, 高文博, 鲁晨辉, 杨成, 徐姝婷. 基于微萃取-纳喷雾质谱技术的纳升脑脊液中咖啡多酚的检测[J]. 高等学校化学学报, 2024, 45(11): 20240327.
[8]	张磊, 申华莉. 标志物研究中常用蛋白组学质谱方法的定量准确性评估[J]. 高等学校化学学报, 2024, 45(11): 20240311.
[9]	曹婷, 舒伟康, 万晶晶. 等离子体复合材料辅助小分子代谢物的质谱半定量分析及鉴定[J]. 高等学校化学学报, 2024, 45(11): 20240325.
[10]	张怡涵, 滑天宇, 侯士姣, 张洋洋, 殷丹, 姬向波, 张岩皓, 裴聪聪, 张书胜. 尖端Fe₂O₃纳米棒驱动的高性能质谱分析用于构建PM_2.5暴露鼠的代谢指纹图谱[J]. 高等学校化学学报, 2024, 45(11): 20240376.
[11]	靳莹, 张俊杰, 张毅欣, 袁悦, 韩珍珍. 外泌体分离和蛋白质组学分析的研究进展[J]. 高等学校化学学报, 2024, 45(11): 20240305.
[12]	胡宇虹, 俞相明, 宋丽丽, 邢清和, 周峰. DEEP SEQ方法检测新生儿毛干蛋白质组动态变化[J]. 高等学校化学学报, 2024, 45(11): 20240326.
[13]	许霞, 秦伟达, 李若萌, 王倩倩, 刘宁, 李功玉. 深度覆盖蛋白质组学质谱分析：细胞蛋白提取方法的评估[J]. 高等学校化学学报, 2024, 45(11): 20240344.
[14]	续红妹, 王梁臣, 闵乾昊. 面向小分子检测的MALDI MS基质研究进展[J]. 高等学校化学学报, 2024, 45(11): 20240285.
[15]	黄玉滢, 于成鲲, 刘斯奇, 任艳. 利用无标记单细胞蛋白质组学方法构建小鼠外周血单个核细胞的细胞图谱[J]. 高等学校化学学报, 2024, 45(11): 20240355.