Sequencing Methods for Detection of Nucleic Acid Epigenetic Modifications

doi:10.7503/cjcu20220342

Abstract

Abstract:

All the somatic cells in an organism share the same genetic information， but have different RNA expression subsets. Only part of genes are expressed and perform their functions at a specific time. In recent years， breakthroughs in epigenetic research have helped people understand the regulation of gene expression to a certain extent. Three types of biological macromolecules： DNA， RNA， and protein， are chemically modified after synthesis. These modifications involve the regulation of almost all biological processes. So far， researchers have identified more than 17 and 160 chemical modifications in DNA and RNA， respectively. The interest in various biological functions of DNA and RNA modifications has promoted the development of the frontier fields of epigenomics and epigenomics. Developing chemical and biological tools to detect specific modifications in the genome or transcriptome is an issue of great concern to us， and it is also a key to the research of epigenomics and epitranscriptomics. Herein， we summarize the detection methods of nucleic acid modifications， and put forward some bottlenecks in the existing technologies and possible innovative methods.

Key words: Epigenetic, Nucleic acid modification, Detection technology, Sequencing

CLC Number:

O629

TrendMD:

FANG Xin, ZHAO Ruiqi, MO Jing, WANG Yafen, WENG Xiaocheng. Sequencing Methods for Detection of Nucleic Acid Epigenetic Modifications[J]. Chem. J. Chinese Universities, 2023, 44(3): 20220342.

Figures/Tables 17

References 94

95	Khoddami V.， Yerra A.， Mosbruger T. L.， Fleming A. M.， Burrows C. J.， Cairns B. R.， Proc. Natl. Acad. Sci. USA， 2019， 116， 6784—6789
96	Legrand C.， Tuorto F.， Hartmann M.， Liebers R.， Jacob D.， Helm M.， Lyko F.， Genome Res.， 2017， 27， 1589—1596
97	Huang T.， Chen W. Y.， Liu J. H.， Gu N. N.， Zhang R.， Nat. Struct. Mol. Biol.， 2019， 26， 380—388
98	Khoddami V.， Cairns B. R.， Nat. Biotechnol.， 2013， 31， 458—464
99	Hussain S.， Sajini A. A.， Blanco S.， Dietmann S.， Lombard P.， Sugimoto Y.， Paramor M.， Gleeson J. G.， Odom D. T.， Ule J.， Frye M.，Cell Rep.， 2013， 4， 255—261
100	Karijolich J.， Yi C. Q.， Yu Y. T.， Nat. Rev. Mol. Cell Biol.， 2015， 16， 581—585
101	Song J. H.， Yi C. Q.， J. Mol. Biol.， 2019， 432（6）， 1824—1839
102	Schwartz S.， Bernstein D. A.， Mumbach M. R.， Jovanovic M.， Herbst R. H.， Leo’n⁃Ricardo B. X.， Engreitz J. M.， Guttman M.， Satija R.， Lander E. S.， Fink G.， Regev A.， Cell， 2014， 159， 148—162
103	Lovejoy A. F.， Riordan D. P.， Brown P. O.， PLoS One， 2014， 9， e110799
104	Carlile T. M.， Rojas⁃Duran M. F.， Zinshteyn B.， Shin H.， Bartoli K. M.， Gilbert W. V.， Nature， 2014， 515， 143—146
105	Bakin A.， Ofengand J.， Biochemistry， 1993， 32， 9754—9762
106	Li X. Y.， Zhu P.， Ma S. Q.， Song J. H.， Bai J. Y.， Sun F. F.， Yi C. Q.， Nat. Chem. Biol.， 2015， 11， 592—597
1	Li X. Y.， Xiong X.， Zhang M.， Wang K.， Chen Y.， Zhou J.， Mao Y. H.， Lv J.， Yi D. Y.， Chen X. W.， Wang C.， Qian S. B.， Yi C. Q.， Mol. Cell， 2017， 68， 993—1005
2	Wang Y. F.， Zhang X.， Liu H.， Zhou X.， Chem. Soc. Rev.， 2021， 50， 13481
3	Ma Z.， Williams M.， Cheng Y. Y.， Leung W. K.， Disease Markers， 2019， 2019， 2673543
4	Khawaja G.， Chung Y. J.， Park E.， Difilippantonio M.， Doroshow J. H.， Aplan P. D.， Blood， 2018， 132， 1804
5	Batista P. J.， Genomics Proteomics Bioinformatics， 2017， 15， 154—163
6	Jaffrey S. R.， Kharas M. G.， Genome. Med.， 2017， 9（1）， 2
7	Lin S. B.， Choe J.， Du P.， Triboulet R.， Gregory R. I.， Mol. Cell， 2016， 62（3）， 335—345
8	Li Z. J.， Weng H. Y.， Su R.， Weng X. C.， Zuo Z. X.， Li C. Y.， Huang H. L.， Nachtergaele S.， Dong L.， Hu C.， Qin X.， Tang L. C.， Wang Y. G.， Hong G. M.， Huang H.， Wang X.， Chen P.， Gurbuxani S.， Arnovitz S.， Li Y. Y.， Li S. L.， Strong J.， Neilly M. B.， Larson R. A.， Jiang X.， Zhang P. M.， Jin J.， He C.， Chen J. J.， Cancer Cell， 2017， 31（1）， 127—141
9	Raiber E. A.， Hardisty R.， Delft P. V.， Balasubramanian S.， Nat. Rev. Chem.， 2017， 1（9）， 0069
10	Greenberg M.， Bourc’His D.， Nat. Rev. Mol. Cell. Biol.， 2019， 20（6314）， 590—607
11	Li E.， Zhang Y.， Cold Spring Harb Perspect Biol.， 2014， 6（5）， a019133
12	Bird A. P.， Trends in Genetics， 1987， 3（12）， 342—347
13	Weber M.， Hellmann I.， Stadler M. B.， Ramos L.， Paabo S.， Rebhan M.， Schubeler D.， Nat. Genet.， 2007， 9（4）， 457—466
14	Myant K.， Termanis A.， Sundaram A. Y. M.， Boe T.， Li C.， Merusi C.， Burrage J.， de Las Heras.， Stancheva I.， Genome Res.， 2010， 21（1）， 83—94
15	Tahiliani M.， Koh K. P.， Shen Y. H.， Pastor W. A.， Bandukwala H.， Brudno Y.， Agarwal S.， Iyer L. M.， Liu D. R.， Aravind L.， Rao A.， Science， 2009， 324（5929）， 930—935
16	He Y. F.， Li B. Z.， Li Z.， Liu P.， Wang Y.， Tang Q. Y.， Ding J. P.， Jia Y. Y.， Chen Z. C.， Li L.， Sun Y.， Li X. X.， Dai Q.， Song C. X.， Zhang K. L.， He C.， Xu G. L.， Science， 2011， 333（6047）， 1303—1307
17	Ito S.， Shen L.， Dai Q.， Wu S. C.， Collins L. B.， Swenberg J. A.， He C.， Zhang Y.， Science， 2011， 333（6047）， 1300—1303
18	Martin R.， Nucleic Acids Res.， 1994， 22（1）， 15—19
19	Cokus S. J.， Feng S. H.， Zhang X. Y.， Chen Z. G.， Merriman B.， Haudenschild C. D.， Pradhan S.， Nelson S. F.， Pellegrini M.， Jacobsen S. E.， Nature， 2008， 452（7184）， 215—219
20	Adey A.， Shendure J.， Genome Res.， 2012， 22（6）， 1139—1143
21	Kobayashi H.， Kono T.， Methods Mol. Biol.， 2012， 825， 223—235
22	Kobayashi H.， Sakurai T.， Miura F.， Imai M.， Mochiduki K.， Yanagisawa E.， Sakashita A.， Wakai T.， Suzuki Y.， Ito T.， Matsui Y.， Kono T.， Genome Res.， 2013， 23（4）， 616—627
23	Shirane K.， Toh H.， Kobayashi H.， Miura F.， Chiba H.， Ito T.， Kono T.， Sasaki H.， PLoS Genet.， 2013， 9（4）， e1003439
24	Tanaka K.， Okamoto A.， Bioorg. Med. Chem. Lett.， 2007， 17（7）， 1912—1915
25	Liu Y. B.， Siejka⁃Zielinska P.， Velikova G.， Bi Y.， Yuan F.， Tomkova M.， Bai C. S.， Chen L.， Schuster⁃Böckler B.， Song C. X.， Nat. Biotechnol.， 2019， 37（4）， 424—429
26	Okamoto A.， Tainaka K.， Kamei T.， Org. Biomol. Chem.， 2006， 4（9）， 1638—1640
27	Bareyt S.， Carell T.， Angew. Chem. Int. Ed.， 2008， 47（1）， 181—184
28	Wang T. L.， Hong T. T.， Tang T.， Zhai Q. Q.， Xing X. W.， Mao W. X.， Zheng X. L.， Xu L.， Wu J. J.， Weng X. C.， Wang S. R.， Tian T.， Yuan B. F.， Huang B.， Zhuang L.， Zhou X.， J. Am. Chem. Soc.， 2013， 135（4）， 1240—1243
29	Booth M. J.， Branco M. R.， Ficz G.， Oxley D.， Krueger F.， Reik W.， Balasubramanian S.， Science， 2012， 336， 934—937
30	Booth M. J.， Ost T. W.， Beraldi D.， Bell N. M.， Branco M. R.， Reik W.， Balasubramanian S.， Nat. Protoc.， 2013， 8， 1841—1851
31	Yu M.， Hon G. C.， Szulwach K. E.， Song C. X.， Jin P.， Ren B.， He C.， Nat. Protoc.， 2012， 7， 2159—2170
32	Yu M.， Hon G. C.， Szulwach K. E.， Song C. X.， Zhang L.， Kim A.， Li X.， Dai Q.， Shen Y.， Park B.， Min J. H.， Jin P.， Ren B.， He C.，Cell， 2012， 149， 1368—1380
33	Han D.， Lu X. Y.， Shih A. H.， Nie Ji.， You Q. C.， Xu M. M.， Melnick A. M.， Levine R. L.， He C.， Mol. Cell， 2016， 63（4）， 711—719
34	Zeng H.， He B.， Xia B.， Bai D. S.， Lu X. Y.， Cai J. B.， Chen L.， Zhou A. K.， Zhu C. X.， Meng H. W.， Gao Y.， Guo H. S.， He C.， Dai Q.， Yi C. Q.， J. Am. Chem. Soc.， 2018， 140， 13190—13194
35	Hayashi G.， Koyama K.， Shiota H.， Kamio A.， Umeda T.， Nagae G.， Aburatani H.， Okamoto A.， J. Am. Chem. Soc.， 2016， 138（43）， 14178—14181
36	Wang Y. F.， Liu C. X.， Zhang X.， Yang W.， Wu F.， Zou G. R.， Weng X. C.， Zhou X.， Chem. Sci.， 2018， 9（15）， 3723—3728
37	Schutsky E. K.， DeNizio J. E.， Hu P.， Liu M. Y.， Nabel C. S.， Fabyanic E. B.， Hwang Y.， Bushman F. D.， Wu H.， Kohli R. M.， Nat. Biotechnol.， 2018， 14， 1067
107	Lei Z. X.， Yi C. Q.， Angew. Chem. Int. Ed.， 2017， 56， 14878—14882
108	Marchand V.， Pichot F.， Neybecker P.， Ayadi L.， BourguignonIgel V.， Wacheul L.， Lafontaine D. L. J.， Pinzano A.， Helm M.， Motorin Y.， Nucleic Acids Res.， 2020， 48， e110
109	Zhang L. S.， Liu C.， Ma H. ， Dai Q.， Sun H. L.， Luo G.， Zhang Z.， Zhang L.， Hu L.， Dong X.， He C.， Mol. Cell， 2019， 74， 1304—1316， e1308
110	Malbec L.， Zhang T.， Chen Y. S.， Zhang Y.， Sun B. F.， Shi B. Y.， Zhao Y. L.， Yang Y.， Yang Y. G.， Cell Res.， 2019， 29， 927—941
111	Pandolfini L.， Barbieri I.， Bannister A. J.， Hendrick A.， Andrews B.， Webster N.， Murat P.， Mach P.， Brandi R.， Robson S. C.， Migliori V.， Alendar A.， d’Onofrio M.， Balasubramanian S.， KouzaridesT.， Mol. Cell， 2019， 74， 1278—1290， e1279
112	Enroth C.， Poulsen L. D.， Iversen S.， Kirpekar F.， Albrechtsen A.， Vinther J.， Nucleic Acids Res.， 2019， 47， e126
38	Li Q. Y.， Xie N. B.， Xiong J.， Yuan B. F.， Feng Y. Q.， Anal. Chem.， 2018， 90（24）， 14622—14628
39	Song C. X.， Szulwach K. E.， Dai Q.， Fu Y.， Mao S. Q.， Lin L.， Street C.， Li Y.， Poidevin M.， Wu H.， Gao J.， Liu P.， Li L.， Xu G. L.， Jin P.， He C.， Cell， 2013， 153（3）， 678—691
40	Booth M. J.， Marsico G.， Bachman M.， Beraldi D.， Balasubramanian S.， Nat. Chem.， 2014， 6， 435—440
41	Guo F.， Li X.， Liang D.， Li T.， Zhu P.， Guo H.， Wu X.， Wen L.， Gu T. P.， Hu B. Q.， Walsh C. P.， Li J. S.， Tang F. C.， Xu G. L.， Cell Stem. Cell， 2014， 15， 447—459
42	Wu H.， Wu X.， Shen L.， Zhang Y.， Nat. Biotechnol.， 2014， 32， 1231—1240
43	Neri F.， Incarnato D.， Krepelova A.， Rapelli S.， Anselmi F.， Parlato C.， Medana C.， Dal Bello F.， Oliviero S.， Cell Rep.， 2015， 10， 674—683
44	Wu H.， Wu X.， Zhang Y.， Nat. Protoc.， 2016， 11， 1081—1100
45	Xia B.， Han D.， Lu X. Y.， Sun Z. Z.， Zhou A. K.， Yin Q. Z.， Zeng H.， Liu M. H.， Jiang X.， Xie W.， He C.， Yi C. Q.， Nat. Methods， 2015， 12， 1047—1050
46	Zhu C. X.， Gao Y.， Guo H. S.， Xia B.， Song J. H.， Wu X. L.， Zeng H.， Kee K.， Tang F. C.， Yi C. Q.， Cell Stem. Cell， 2017， 20（5）， 720—731， e725
47	Lu X. Y.， Song C. X.， Szulwach K.， Wang Z. P.， Weidenbacher P.， Jin P.， He C.， J. Am. Chem. Soc.， 2013， 135（25）， 9315—9317
48	Lu X. Y.， Han D.， Zhao B. S.， Song C. X.， Zhang L. S.， Doré L. C.， He C.， Cell Res.， 2015， 25（3）， 386—389
49	Wang Y. F.， Zhang X.， Zou G. R.， Peng S.， Liu C. X.， Zhou X.， Acc. Chem. Res.， 2019， 52， 1016—1024
50	Wang Y. F.， Liu C. X.， Wu F.， Zhang X.， Liu S.， Chen Z. G.， Zeng W. W.， Yang W.， Zhang X. L.， Zhou Y.， Weng X. C.， Wu Z. G.， Zhou X.， iScience， 2018， 9， 423—432
51	Yang W.， Han S. Q.， Zhang X.， Wang Y. F.， Zou G. R.， Liu C. X.， Xu M. X.， Zhou X.， Anal. Chem.， 2021， 93， 15445—15451
52	Shu X. T.， Liu M. H.， Lu Z. K.， Zhu C. X.， Meng H. W.， Huang S. H.， Zhang X. X.， Yi C. Q.， Nat. Chem. Biol.， 2018， 14， 680—687
53	Wang Y. F.， Zhang X.， Han S. Q.， Yang W.， Chen Z. G.， Wu F.， Liu J. Z.， Weng X. C.， Zhou X.， ACS Cent. Sci.， 2021， 7， 973—979
54	Jiang L. D.， Yin J. Y.， Qian M. X.， Rong S. Q.， Zhang S. Q.， Chen K. J.， Zhao C. C.， Tan Y. Q.， Guo J. Y.， Chen H.， Gao S. Y.， Liu T. T.， Liu Y.， Shen B.， Yang J.， Zhang Y.， Meng F. L.， Hu J. C.， Ma H. H.， Chen Y. H.， J. Am. Chem. Soc.， 2022， 144， 1323—1331
55	He C.， Nat. Chem. Biol.， 2010， 6， 863—865
56	Gilbert W. V.， Bell T. A.， Schaening C.， Science， 2016， 352， 1408—1412
57	Roundtree I. A.， Evans M. E.， Pan T.， He C.， Cell， 2017， 169， 1187—1200
58	Li X. Y.， Xiong X. S.， Yi C. Q.， Nat. Methods， 2016， 14， 23—31
59	Zhao L. Y.， Song J. H.， Liu Y. B.， Song C. X.， Yi C. Q.， Protein Cell， 2020， 11（11）， 17
60	Schraga S.， Sudeep D. A.， Maxwell R. M.， Marko J.， Philipp M.， Alexander S.， Yuval T.， Tarjei S. M.， Rahul S.， Gary R.， Steven A. C.， Eric S. L.， Gerald R. F.， Aviv R.， Cell， 2012， 155， 1409—1421
61	Wang Y.， Li Y.， Toth J. I.， Petroski M. D.， Zhang Z. L.， Zhao J. C.， Nat. Cell. Biol.， 2014， 16（2）， 191—198
62	Louloupi A.， Ntini E.， Conrad T.， Orom U. A. V.， Cell Rep.， 2018， 23（12）， 3429—3437
63	Alarcon C. R.， Goodarzi H.， Lee H.， Liu X. H.， Tavazoie S.， Tavazoie S. F.， Cell， 2015， 162（6）， 1299—1308
64	Yang X.， Yang Y.， Sun B. F.， Chen Y. S.， Xu J. W.， Lai W. Y.， Li A.， Wang X.， Bhattarai D. P.， Xiao W.， Sun H. Y.， Zhu Q.， Ma H. L.， Adhikari S.， Sun M.， Hao Y. J.， Zhang B.， Huang C. M.， Huang N.， Jiang G. B.， Zhao Y. L.， Wang H. L.， Sun Y. P.， Yang Y. G.，Cell Res.， 2017， 27， 606—625
65	Arango D.， Sturgill D.， Alhusaini N.， Dillman A. A.， Sweet T. J.， Hanson G.， Hosogane M.， Sinclair W. R.， Nanan K. K.， Mandler M. D.， Fox S. D.， Zengeya T. T.， Andresson T.， Meier J. L.， Coller J.， Oberdoerffer S.， Cell， 2018， 175， 1872—1886， e1824
66	Harcourt E. M.， Kietrys A. M.， Kool E. T.， Nature， 2017， 541， 339—346
67	Dominissini D.， Moshitch⁃Moshkovitz S.， Schwartz S.， Salmon⁃Divon M.， Ungar L.， Osenberg S.， Cesarkas K.， Jacob⁃Hirsch J.， Amariglio N.， Kupiec M.， Sorek R.， Rechavi G.， Nature， 2012， 485， 201—206
68	Meyer K. D.， Saletore Y.， Zumbo P.， Elemento O.， Mason C. E.， Jaffrey S. R.， Cell， 2012， 149， 1635—1646
69	Chen K.， Lu Z. K.， Wang X.， Fu Y.， Luo G. Z.， Liu N.， Han D.， Dominissini D.， Dai Q.， Pan T.， He C.， Angew. Chem. Int. Ed.， 2015， 54， 1587—1590
70	Ke S.， Alemu E. A.， Mertens C.， Gantman E. C.， Fak J. J.， Mele A.， Haripal B.， Zucker⁃Scharff I.， Moore M. J.， Park C. Y.， Vågbø C. B.， Kusśnierczyk A.， Klungland A.， Darnell Jr J. E.， Darnell R. B.， Genes. Dev.， 2015， 29， 2037—2053
71	Linder B.， Grozhik A. V.， Olarerin⁃George A. O.， Meydan C.， Mason C. E.， Jaffrey S. R.， Nat. Methods， 2015， 12， 767—772
72	Molinie B.， Wang J.， Lim K. S.， Hillebrand R.， Lu Z. X.， Wittenberghe N. V.， Howard B. D.， Daneshvar K.， Mullen A. C.， Dedon P.， Xing Y， Giallourakis C. C.， Nat. Methods， 2016， 13， 692—698
73	Garcia⁃Campos M. A.， Edelheit S.， Toth U.， Safra M.， Shachar R.， Viukov S.， Winkler R.， Nir R.， Lasman L.， Brandis A.， Hanna1 J. H.， Rossmanith W.， Schwartz S.， Cell， 2019， 178， 731—747， e716
74	Zhang Z.， Chen L. Q.， Zhao Y. L.， Yang C. G.， Roundtree I. A.， Zhang Z. J.， Ren J.， Xie W.， He C.， Luo G. Z.， Sci. Adv.， 2019， 5， 250
75	Liu W. L.， Yan J. L.， Zhang Z. H.， Pian H. R.， Liu C. H.， Li Z. P.， Chem. Sci.， 2018， 9， 3354—3359
76	Imanishi M.， Tsuji S.， Suda A.， Futaki S.， Chem. Commun.， 2017， 53， 12930—12933
77	Meyer K. D.， Nat. Methods， 2019， 16， 1275—1280
78	Hong T. T.， Yuan Y. S.， Chen Z. G.， Xi K.， Wang T. L.， Xie Y. L.， He Z. Y.， Su H. M.， Zhou Y.， Tan Z. J.， Weng X. C.， Zhou X.， J. Am. Chem. Soc.， 2018， 140（18）， 5886—5889
79	Shu X.， Cao J.， Cheng M. H.， Xiang S. Y.， Gao M. S.， Li T.， Ying X. E.， Wang F. Q.， Yuan Y. N.， Lu Z. K.， Dai Q.， Cui X. L.， Ma L. J.， Wang Y. Z.， He C.， Feng X. H.， Liu J. Z.， Nat. Chem. Biol.， 2020， 16（8）， 887—895
80	Wang Y.， Xiao Y.， Dong S. Q.， Yu Q.， Jia G. F.， Nat. Chem. Biol.， 2020， 16（8）， 896—903
81	Sun H. X.， Zhang M. L.， Li K.， Bai D. S.， Yi C. Q.， Cell Res.， 2019， 29（1）， 80—82
82	Akichika S.， Hirano S.， Shichino Y.， Suzuki T.， Nishimasu H.， Ishitani R.， Sugita A.， Hirose Y.， Iwasaki S.， Nureki O.， Suzuki T.， Science， 2019， 363， eaav0080
83	Sendinc E.， Valle⁃Garcia D.， Dhall A.， Chen H.， Henriques T.， NavarretePerea J.， Sheng W.， Gygi S. P.， Adelman K.， Shi Y.， Mol. Cell， 2019， 75（3）， 620—630
84	Mauer J.， Luo X. B.， Blanjoie A.， Jiao X. F.， Grozhik A. V.， Patil D. P.， Linder B.， Pickering B. F.， Vasseur J. J.， Chen Q. Y.， Gross S. S.， Elemento O.， Debart F.， Kiledjian M.， Jaffrey S. R.， Nature， 2017， 541， 371—375
85	Wei J. B.， Liu F. G.， Lu Z. K.， Fei Q. L.， Ai Y. X.， He P. C.， Shi H. L.， Cui X. L.， Su R.， Klungland A.， Jia G. F.， Chen J. J.， He C.， Mol. Cell， 2018， 71， 973—985， e975
86	Boulias K.， Toczydlowska⁃Socha D.， Hawley B. R.， Liberman N.， Takashima K.， Zaccara S.， Guez T.， Vasseur J. J.， Debart F.， Aravind L.， Jaffrey S. R.， Greer E. L.， Mol. Cell， 2019， 75（3）， 631—643， e638
87	Macon J. B.， Wolfenden R.， Biochemistry， 1968， 7， 3453—3458
88	Dominissini D.， Nachtergaele S.， Moshitch⁃Moshkovitz S.， Peer E.， Kol N.， Ben⁃Haim M. S.， Dai Q.， Di Segni A.， Salmon⁃Divon M.， Clark W. C.， Zheng G.， Pan T.， Solomon O.， Eyal E.， Hershkovitz V.， Han D.， Dore L. C.， Amariglio N.， Rechavi G.， He C.， Nature， 2016， 530， 441—446
89	Li X. Y.， Xiong X. S.， Wang K.， Wang L. X.， Shu X. T.， Ma S. Q.， Yi C. Q.， Nat. Chem. Biol.， 2016， 12， 311—316
90	Safra M.， Sas⁃Chen A.， Nir R.， Winkler R.， Nachshon A.， Bar⁃Yaacov D.， Erlacher M.， Rossmanith W.， Stern Ginossar N.， Schwartz S.， Nature， 2017， 551， 251—255
91	Xiong X. S.， Li X. Y.， Wang K.， Yi C. Q.， RNA， 2018， 24， 1437—1442
92	Zhou H. Q.， Rauch S.， Dai Q.， Cui X. L.， Zhang Z. J.， Nachtergaele S.， Sepich C.， He C.， Dickinson B. C.， Nat. Methods， 2019， 16， 1281—1288
93	Squires J. E.， Patel H. R.， Nousch M.， Sibbritt T.， Humphreys D. T.， Parker B. J.， Suter C. M.， Preiss T.， Nucleic Acids Res.， 2012， 40， 5023—5033
94	Schaefer M.， Pollex T.， Hanna K.， Lyko F.， Nucleic Acids Res.， 2009， 37（2）， e12

[1]	TANG Xiaomeng, YUAN Bifeng, FENG Yuqi. Functions of Plant RNA Modifications and Their Analytical Methods [J]. Chem. J. Chinese Universities, 2023, 44(3): 20220265.
[2]	CHEN Jialu, HUANG Shuo. Applications of Nanopore Sequencing Technology in the Detection of Nucleic Acid Modifications [J]. Chem. J. Chinese Universities, 2023, 44(3): 20220333.
[3]	ZHANG Kaisong, WANG Shaoru, ZHANG Yutong, TIAN Tian. Study of Epigenetic Modifications of Nucleic Acids Based on Supramolecular Chemistry [J]. Chem. J. Chinese Universities, 2023, 44(3): 20220335.
[4]	LIANG Quntao, ZOU Qiang, LIN Jianghui, LIU Shutao, WEI Zheng. Ultraviolet Absorbance of Saturated Structure in the Non-reducing End of Heparin/Heparan Sulfate Disaccharides and Its Application in Sequence of Heparin Oligosaccharides [J]. Chem. J. Chinese Universities, 2021, 42(6): 1776.
[5]	HUA Tao, LI Shengnan, LI Fengxiang, WANG Haonan. Treatment of Naphthalene by Microbial Electrochemical System and the Analysis of Microbial Communities ^† [J]. Chem. J. Chinese Universities, 2019, 40(9): 1964.
[6]	TANG Daonian, JIANG Min, LI Xiaowei, KANG Yani, WU Xinyan, GONG Bing, SHAO Zhifeng, ZHAO Xiaodong, SHEN Yumei. Synthesis and Application of Four Fluorescence Labeled Nucleotides Through Disulfide as Reversible Terminators in DNA Sequencing by Synthesis [J]. Chem. J. Chinese Universities, 2014, 35(11): 2346.
[7]	MU Jin-Xia, YIN Xue-Feng^*, CHEN Wen-Zhang. Edman Degradation on Microfluidic Chip Operated with a Sequential Injection System [J]. Chem. J. Chinese Universities, 2008, 29(10): 1977.
[8]	YIN Chang-Chuan, HUANG Wei-Da, SUN Chong-Rong. Separation and Identification of DABTH-Amino Acids by Reverse-Phase High-Performance Liquid Chromatography [J]. Chem. J. Chinese Universities, 1993, 14(3): 328.