Interaction Mechanism Between FXR and Its Natural Product Agonist SarmentolH

doi:10.7503/cjcu20250182

Abstract

Abstract:

Recent studies have identified Sarmentol H（SMH）， a natural product isolated from Sedum sarmentosum Bunge， as a novel Farnesoid X receptor（FXR） agonist with a unique scaffold structure and promising invitro and invivo activities. However， the precise interaction mechanism between SMH and FXR remains unclear. In this study， an integrated computational approach combining molecular docking， molecular dynamics simulations， and binding free energy calculations was employed to elucidate the binding mode between SMH and FXR in detail. By comparing structural dynamics and binding free energetics， the optimal binding mode of SMH with FXR was identified， and the key amino acid residues critical for SMH recognition and binding were pinpointed.

Key words: Farnesoid X receptor, Sarmentol H, Interaction mechanism

CLC Number:

O641

TrendMD:

ZHANG Li, HUANG Kexuan, GU Boai. Interaction Mechanism Between FXR and Its Natural Product Agonist SarmentolH[J]. Chem. J. Chinese Universities, 2025, 46(11): 20250182.

Figures/Tables 7

Table 1 Binding free energies calculated by the MM-GBSA method

System	Δ $G v d w$ /（kJ·mol^-1）	Δ $G e l e$ /（kJ·mol^-1）	Δ $G p o l$ /（kJ·mol^-1）	Δ $G n o n p o l$ /（kJ·mol^-1）	$T Δ S$ /（kJ·mol^-1）	Δ $G b i n d i n g c a l /$ （kJ·mol^-1）
BM1	-153.87±9.24 ^*	-88.83±8.78	120.55±5.76	-22.70±0.71	-84.14±17.39	-60.71
BM2	-144.04±10.41	-39.67±26.42	78.50±17.10	-21.95±0.63	-84.98±15.68	-42.18
BM3	-136.94±8.48	-36.32±17.68	80.76±10.45	-20.36±0.75	-77.04±17.05	-35.82
T292A	-156.62±9.36	-73.07±10.03	113.11±6.85	-22.44±0.59	-88.32±17.89	-50.70
Y365A	-149.39±8.78	-53.42±15.26	101.37±8.69	-21.82±0.63	-85.56±3.23	-37.70

Table 1 Binding free energies calculated by the MM-GBSA method

System	Δ $G v d w$ /（kJ·mol^-1）	Δ $G e l e$ /（kJ·mol^-1）	Δ $G p o l$ /（kJ·mol^-1）	Δ $G n o n p o l$ /（kJ·mol^-1）	$T Δ S$ /（kJ·mol^-1）	Δ $G b i n d i n g c a l /$ （kJ·mol^-1）
BM1	-153.87±9.24 ^*	-88.83±8.78	120.55±5.76	-22.70±0.71	-84.14±17.39	-60.71
BM2	-144.04±10.41	-39.67±26.42	78.50±17.10	-21.95±0.63	-84.98±15.68	-42.18
BM3	-136.94±8.48	-36.32±17.68	80.76±10.45	-20.36±0.75	-77.04±17.05	-35.82
T292A	-156.62±9.36	-73.07±10.03	113.11±6.85	-22.44±0.59	-88.32±17.89	-50.70
Y365A	-149.39±8.78	-53.42±15.26	101.37±8.69	-21.82±0.63	-85.56±3.23	-37.70

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